Радикализация профсоюзов однозначно толкала их в оппозиционный лагерь и тесно связывала их судьбу с судьбой русских левых. Но эта инерционная система отставала от развития событий. Пытаясь наверстать отставание, лидеры ФНПР выступали с жесткими заявлениями, не умея подкрепить угрозы действиями. И не потому, что рядовые члены профсоюзов их не поддерживали — требования профсоюзов отражали настроения большинства их членов, что подтверждается не только множеством резолюций заводских и цеховых собраний, но и социологическими опросами. Просто бюрократия ФНПР была не способна организовать массы, а тем более вести их за собой.
Лидер ФНПР Игорь Клочков и его окружение колебались между участием в центристском «Гражданском союзе» и Партией труда. Однако ПТ была слаба, а в ФНПР не было решимости всерьез взяться за создание политической организации. Лишь аграрный профсоюз принял твердое решение и начал действовать самостоятельно. В результате Аграрная партия России заняла четвертое место на выборах 1993 г.
Переворот сентября — октября 1993 г. был не только поражением оппозиционных сил, но и началом острого кризиса ФНПР, который не мог не затронуть Партию труда и других левых, связанных с «лейбористским проектом».
После расстрела Белого дома перепуганные руководители федерации вынудили своего лидера подать в отставку. В октябре 1993 г. был созван чрезвычайный съезд. Председателем ФНПР стал Шмаков. Он оказался у руля организации, раздираемой противоречиями, потерявшей перспективу и веру в себя. Сам Шмаков уже не был похож на задиристого радикала, каким он был в конце 1980-х гг.
Пока руководство ФНПР левело, руководство Московских профсоюзов правело. После ухода с поста мэра столицы скандально известного профессора Гавриила Попова и замены его профессиональным администратором Юрием Лужковым, столичные профсоюзы все более становились частью городской системы управления. Впоследствии эта тенденция получила своеобразное «материальное» воплощение: в 1994 г. руководство МФП разместилось в здании Московской мэрии. Такой поворот стал возможен благодаря улучшению социальной ситуации в столице. Высокооплачиваемые трудящиеся Москвы становились более умеренными, а в провинции быстро нарастало недовольство.
По мнению нового руководства ФНПР время забастовок и баррикад кончилось. Газета «Солидарность» начала отстаивать идеи «социал-демократии с русской спецификой», радикальные авторы покинули издание. Оно стало утрачивать оригинальный стиль, некогда обеспечивший его успех. Газета скучнела, в редакции начались раздоры. Кульминацией кризиса стала попытка группы сотрудников издания создать независимый профсоюз. Проявив неожиданную твердость, руководство железной рукой подавило бунт. Обе стороны в этом конфликте показали себя не самым лучшим образом: и те и другие давно утратили первоначальный идеализм и чувство солидарности. Радикализм 1980-х гг. уступал место стремлению к респектабельности. Тираж опять упал до 5 тыс., распространители-добровольцы разбежались, газета исчезла с улиц и предприятий, став чтением для профсоюзной бюрократии.
