От слова «пещера» новая обитель стала называться Печерской. Княжеская семья любила и почитала ее. Но своим непостоянным характером князь Изяслав Ярославич причинил ей немало горя.
Так, когда прп. Антоний постриг двух его приближенных — св. Варлаама (память его 14 нояб.) и Ефрема (память его 28 янв.), — он был так раздражен, что прп. Антоний был вынужден удалиться на некоторое время из Киева. Это повторилось, когда в Киеве произошло народное возмущение и прп. Антония ложно обвинили в сочувствии возмутившимся. Тогда его взял под свое покровительство постоянный друг монахов — черниговский князь Святослав Ярославич — и пригласил его к себе в Чернигов. Там прп. Антоний ископал пещеру в Болдиной горе, положив таким образом основание Елецкому монастырю, существовавшему до наших дней. Вел. княгиня Мария Казимировна, родом полька, заступалась за иноков и напоминала своему мужу кару Божию, постигшую короля польского Болеслава за гонение на монахов (см. житие прп. Моисея Угрина — 26 июля). И оба раза Изяслав Ярославич раскаивался, и между ним и печерскими иноками опять наступал мир.
Братии в первоначальной обители было всего 12 человек. После окончательного возвращения своего в Киев прп. Антоний поставил им игуменом сначала Варлаама, а потом Феодосия, а сам ископал себе другую пещеру, недалеко от первой, и затворился в ней.
Но монастырем своим он продолжал руководить через прпп. Феодосия и Варлаама, которые постоянно посещали его и ничего не делали без его совета и благословения. Прп. Феодосия он особенно любил за его смирение и послушание. Прп. Антоний обладал великими духовными дарами: умением управлять душами, мудростью, прозорливостью, даром исцеления. Приходили к нему и другие иноки, и миряне ради духовного руководства. Больных он исцелял травой, которой он питался. За больным прп. Исаакием (память его 14 февр.) он ухаживал сам с прп. Феодосией. На месте его подвигов создались пещеры, называемые Дальними или Антониевыми. А над старой пещерой (называемой Ближней или Феодосиевой) соорудили небольшой храм во имя Успения Божией Матери, и, когда число братиев дошло до 100 человек, был введен общежительный устав.
Однажды пришли к нему князья за благословением перед походом на половцев. С ними был и варяжский князь Шимон, который был изгнан родственниками своими из родной ему Скандинавии и нашел убежище у русских князей. Русским князьям затворник сказал прямо, что их ждет — за грехи их — поражение, и Шимону сказал, что хотя будет лежать, раненый, среди трупов, но Господь помилует его и он вернется со всеми своими воинами в Киев, будет еще долго жить, а похоронят его в церкви, которая будет создана по воле Божией. Так и случилось.
