Утром преподобный с трудом добрел до обители. Восемь суток страдал он от нестерпимой боли, отказавшись от помощи врачей, вызванных настоятелем, предоставив свою жизнь воле Господа и Пречистой Его Матери. И когда надежда на выздоровление, казалось, исчезла, Пресвятая Богородица явилась старцу в тонком сне в сопровождении апостолов Петра и Иоанна Богослова и даровала ему исцеление. В тот же день преподобный встал с постели и еще пять месяцев пробыл в монастыре до полного выздоровления. Старец остался навсегда согбенным и ходил, опираясь на топорик или на посох, однако обидчиков простил и просил не наказывать.
Возвратившись в «дальнюю пустыньку», преподобный Серафим не изменил прежнего уклада жизни. По смерти настоятеля и своего духовного руководителя иеромонаха Исайи он принял обет молчания, сравнивая его с крестом, «на котором человек должен распять себя со всеми страстями и похотями». Жизнь его становится еще более сокрытой для окружающих: безмолвствует не только пустынь, но молчат и уста старца, отрешившегося от всех житейских помыслов.
«Паче всего должно украшать себя молчанием, — любил он впоследствии повторять наставления отцов Церкви, — ибо молчанием многих видел я спасающихся, многоглаголанием же ни единого… Молчание есть таинство будущего века… ибо приближает человека к Богу и делает его как бы земным ангелом… словеса же — орудия суть мира сего».
Преподобный Серафим не выходил более к посетителям и, если встречал кого в лесу, падал ниц и не вставал, пока прохожий не удалялся. По причине болезни ног он уже не мог посещать обитель, и пищу ему один раз в неделю приносил послушник, которого старец встречал со сложенными крестообразно на груди руками и отпускал, не взглянув на него и не произнеся ни слова. Только иногда клал на лоточек частицу хлеба или немного капусты, давая тем самым знать, что следует принести в следующее воскресенье. В безмолвии преподобный провел около трех лет.
Благодатным плодом его подвижнической жизни явился «мир души», который он считал драгоценным даром Божиим, самым важным делом в жизни христиан. «Пост, молитва, бдение и всякие другие дела христианские, — говорил преподобный обращавшимся к нему монахам, — сколь ни хороши сами по себе, однако не в делании лишь только их состоит цель нашей жизни христианской, хотя они и служат средством для достижения ее. Истинная цель жизни нашей христианской есть стяжание Духа Святого Божия».
Обеспокоенные долгим отсутствием старца, новый настоятель игумен Нифонт и старшие из братии пустыни предложили преподобному Серафиму или приходить в монастырь по воскресеньям для участия в богослужении и причащения, или совсем вернуться в обитель. Старец избрал последнее, будучи не в силах преодолевать большие расстояния. Но, поселившись спустя 15 лет в прежней келье, он продолжил подвиг молчания, никуда не выходя и никого не принимая, кроме больничного служки и священника, приносившего ему Святое Причастие.
