В заключительный период войны новая религиозная политика Советского правительства, в том числе интронизация Московского Патриарха, воспринималась на оккупированной территории СССР как своеобразный «церковный НЭП». Это заставило гитлеровское руководство внести новые коррективы в политику по отношению к Православной церкви. В качестве мер контрпропаганды была допущена заметная активизация церковной жизни. Министерство «восточных территорий» совместно с РСХА способствовало проведению в первой половине 1944 г. целой серии конференций украинских, белорусских и прибалтийских православных архиереев. Однако предложения о создании единой Церкви на оккупированных территориях СССР в качестве противовеса Московской патриархии или хотя бы о проведении общей конференции всех православных архиереев в Берлине были категорически отвергнуты священнослужителями502. Министерство «восточных территорий» готовило выпуск книги «Правда о религии в России» — ответ на вышедшую в 1942 г. под таким же названием книгу Московского патриархата. Книгу планировалось издать в Женеве в конце сентября 1944 г. тиражом 40 ООО экз., но и это осуществлено не было.
Менялись настроения антисоветски настроенного духовенства. В 1943 г. белорусский архиепископ Филофей через партизанских агентов просил передать Патриаршему Местоблюстителю митрополиту Сергию привет, сообщил, что «все его решения [о расколе Православной церкви] исходили не от него», а также «заявил о готовности сотрудничать». В мае 1944 г., несмотря на противодействие главы Белорусской центральной рады Р. Островского, Митрополит Пантелеймон инициировал признание решений церковного собора августа 1942 г. (о выходе Белорусской церкви из состава РПЦ) недействительным. В то же время он высказывался резко против большевизма, которому хотел противопоставить «православную веру и мораль». Экзарх Прибалтики митрополит Сергий (Воскресенский), несмотря на давление гитлеровцев, отказался признать избрание Московского патриарха неканоническим. 29 апреля 1944 г. митрополит Сергий был убит — его машина на шоссе Вильнюс — Каунас была расстреляна мотоциклистами в немецкой форме. Исследователи расходятся во мнении, кто стоял за этим покушением, так как митрополит мог быть равно неугоден как гитлеровцам, так и советскому руководству. Рядовые священники, сохранившие верность РПЦ и признавшие легитимность избранного патриарха Сергия, подвергались преследованию со стороны гитлеровцев503.
