Во второй период войны религиозная политика гитлеровцев определялась уже упомянутой установкой «Допускать, но не содействовать». На оккупированной территории в общей сложности было восстановлено более 40 % от дореволюционного количества церквей. По разным данным, их было от 7547 до 9400, а также почти 60 монастырей (45 на Украине, б в Белоруссии и 6–7 в РСФСР)495.
Новая политика советского руководства по отношению к Церкви проявилась и на оккупированной территории страны, где с 1943 г. советское командование и Московская патриархия перешли к согласованным действиям с целью расширить влияние на религиозную жизнь — в том числе путем распространения воззваний и обращений РПЦ. В результате в 1943–1944 гг. доля сторонников Московской патриархии среди клира оккупированных областей постоянно росла. Также многие сельские священники, в частности в Белоруссии, стали согласовывать свои действия с партизанами. Открывшиеся на оккупированной территории храмы превратились в центры русского национального самосознания, проявления патриотических чувств. Вокруг них сплотилась значительная часть населения. В докладной записке секретаря Курского обкома ВКП(б) по пропаганде, датированной апрелем
1943 г., отмечалось, что «попытка немцев использовать церкви для фашистской пропаганды встретила решительное сопротивление со стороны местного населения». В Белоруссии проповеди главы церковных сепаратистов архиепископа Филофея «с резкими выпадами против Советского Союза», а также его выступления в периодической печати «с антирусскими статьями» и подобные выступления по радио «вызывали у большинства верующих чувство раздражения и неудовольствия»496.
Реакция гитлеровцев на изменения в советской религиозной политике состояла в том числе в усилении действий по разобщению РПЦ и отколовшейся от нее части украинского православия. Однако усилия германского Министерства «восточных территорий» по созданию объединенной Украинской православной церкви во главе с Патриархом не привели к успеху, в первую очередь, из‑за противодействия этой инициативе со стороны руководства рейхскомиссариата «Украина». Поэтому положение всех церковных организаций на Украине продолжало оставаться противоречивым. В то время как из‑за опасений попасть в немилость к гитлеровцам, иерархи вынуждены были выражать им свою лояльность, в частности в виде призыва населения к выезду в Германию на работу, их отношение к гитлеровцам стало меняться. Даже глава УАПЦ архиепископ Поликарп гневно протестовал против атак гитлеровцев на священников и брутального обращения с населением. Глава УГКЦ митрополит А. Шептицкий, который вначале принял гитлеровцев как освободителей, разочаровался в них, особенно из‑за уничтожения евреев. Он был встревожен вовлечением украинской полиции в эти акции и даже направил Гиммлеру письмо с требованием прекратить эту практику. В отчетах германской полиции отмечалось, что к концу 1943 г. он стал считать нацизм большим злом, чем коммунизм497. Тем не менее в 1944 г. митрополит Шептицкий приветствовал создание дивизии СС «Галиция», главным капелланом которой был назначен один из священников УГКЦ.
