Избранный в марте 1942 г. экзархом Белоруссии митрополит Пантелеймон отказался от предложения гитлеровцев объявить автокефалию. Тогда движение за автокефализацию возглавил архиепископ Могилевский и Мстиславльский Филофей, который был поддержан в этом оккупационными властями. Митрополит Пантелеймон был отстранен от церковного управления и выслан в Минскую область. Захватив церковную власть в свои руки, в сентябре 1942 г. архиепископ Филофей созвал «Всебелорусский православный собор», на котором было провозглашено создание Белорусской автокефальной православной церкви (БАПЦ), но с оговоркой — только «после признания ее всеми каноническими церквами». Правомочным Собор не являлся, так как в нем приняли участие только отдельные представители Минской и Новогрудско- Барановичской епархий. Таким образом, провести автокефализацию Церкви в Белоруссии фактически не удалось. Несмотря на раскол Церкви на Украине и попытку его в Белоруссии, по оценкам священнослужителей, масса верующих «как была, так и осталась такими же православными», и практически не замечала разногласий среди церковных иерархов487.
Отдельно следует остановиться на деятельности экзарха Прибалтики митрополита Сергия (Воскресенского), который к моменту начала войны находился в Риге. При приближении гитлеровских войск он получил от советских властей указание эвакуироваться, однако от эвакуации уклонился и остался на оккупированной территории. В августе и сентябре 1941 г. он послал приветственные телеграммы Гитлеру. Несмотря на выраженный антисоветский настрой, митрополит Сергий (Воскресенский) не допустил отрыва Православной церкви в Прибалтике от РПЦ. Не удалось предотвратить раскол только в Эстонии, где часть православных священников и паствы (в основном эстонцев по национальности) во главе с таллинским митрополитом Александром провозгласила отделение от Русской православной церкви (однако большая часть русских приходов в Эстонии осталась верна РПЦ)488.
В обмен на то, что гитлеровцы не стали принуждать Митрополита Сергия к автокефализации, они предложили ему возглавить «Православную миссию в освобожденных областях России» («Псковская духовная миссия») — эксперимент по возрождению церковной жизни, который был осуществлен на территории Ленинградской области и принес значительные результаты. Кроме возобновления церковной жизни и массового открытия храмов, на этой территории для ее жителей было установлено обязательное посещение церквей, а волостные и земские управы требовали от жителей справки об исповеди. Были проведены тысячи обрядов крещения детей и подростков, которые не были крещены при советской власти, а также проделана большая идеологическая работа по вовлечению молодежи в церковную жизнь489.
