Часть тюдоровских построек полностью снесли, и в 1689 году начали возводить на их месте новые. Изначально Рен планировал, что большая часть здания будет каменной, но тут помешала политика — Вильгельм воевал с французами, и дорога, по который из Дорсета возили камень для стройки, часто оказывалась занята военными обозами. Приходилось использовать кирпич. Король почти постоянно отсутствовал, его отвлекала война, так что в его отсутствие всем, и строительством в Хэмптон-корте, руководила королева Мария. Она хотела, чтобы он было закончен как можно скорее, но строительство пришлось замедлить после того, как наспех выстроенная южная часть дворца обрушилась и один из рабочих погиб. Как писала королева, «в этом была рука Господа, и мне был преподан урок смирения».
И всё же, как ни торопилась Мария, ей не удалось пожить в новом дворце — в 1694 году тридцатидвухлетняя королева скончалась от оспы. Вильгельм потерял и жену, и соправительницу… В первое время после её смерти ему было не до дворца, к тому же война отнимала почти все средства. Только спустя три года работы вновь возобновились.
Несмотря на войну с Францией, французское влияние чувствовалось в архитектуре нового Хэмптон-корта, что неудивительно — Кристофер Рен бывал во Франции, так что при постройке и этого дворца, и Уайтхолла его вдохновлял прекрасный Версаль. А роскошное королевское ложе было подарено королём Франции Людовиком XIV графу Джерси, который, в свою очередь, преподнёс его королю Вильгельму. Убранное красным бархатом, оно до сих пор стоит в королевской опочивальне Хэмптон-корта, а на стене висит прекрасный портрет леди Анны — матери королевы Марии. Правда, Вильгельм, весьма скромный в быту, предпочитал жить в небольших уютных комнатах дворца, а не в роскошных парадных покоях.
О совместной жизни этой королевской пары написано немало, зачастую короля даже обвиняют в равнодушии к собственной жене и пристрастии к фаворитам мужского пола. На самом же деле они вместе немало пережили и были привязаны друг к другу — смерть Марии стала для Вильгельма серьёзным ударом. Оправившись от него, он не просто завершил начатую перестройку Хэмптон-корта, а и занялся тем, что когда-то в Нидерландах увлекало их обоих — садоводством. Мария даже, вернувшись на родину, привезла с собой множество экзотических для Англии растений, которые высадили в двух оранжереях возле дворца. Теперь же по указанию Вильгельма было разбито несколько новых чудесных садов, в которых можно гулять и сейчас — жаль только, что от знаменитого некогда садового лабиринта осталось не так уж и много.
