Во время Гражданской войны коммунисты схватили Арсения и бросили его в тюрьму. Сидя в тюрьме, он очень мучался от блох и страшной тесноты. В одну маленькую камеру затолкали много заключенных. Старец вспоминал, что, когда все заключенные укладывались спать на пол, он "вклинивался" последним, с трудом втискивая между ними свое тело.
В тюрьме он подвергся и нравственному испытанию. Однажды коммунисты перевели его в одиночную камеру и привели туда двух почти раздетых девок-коммунисток. Арсений начал усиленно молиться Пресвятой Богородице и сразу ощутил «силу свыше», которая укрепила его. Он стал смотреть на девушек бесстрастно — подобно тому как Адам смотрел на Еву в Раю. Потом Арсений по-доброму поговорил с девушками. Те пришли в чувство, им стало стыдно, и, заплакав, они ушли.
На допросе следователь спросил Арсения:
— За что тебя взяли?
— За то, что мой брат воюет в отряде у Зерваса[25].
— А почему он воюет у Зерваса?
— А кто из нас старше: я или мой брат? По-вашему, я могу требовать у брата отчета в том, что он делает?
Оценив искренность и смелость Арсения, коммунисты выпустили его на волю.
Впоследствии Арсений приносил хлеб голодным и измученным мятежникам-коммунистам — хотя он знал, что они хотят убить его брата. Будучи не в состоянии понять несвоекорыстную любовь Старца, коммунисты посчитали его действия подозрительными и даже собирались его судить. Впоследствии Старец защищал этих людей от мести тех, кто потерял на войне с мятежниками своих близких.
Много испытаний и опасностей выпало на долю Старца. В доме его отца мятежники обустроили свое логово, и Арсений два месяца был вынужден скрываться в одном турецком доме. Снежной зимой он прятался от коммунистов в горах под открытым небом. Однажды мятежники схватили его и увели для тяжелой рабской работы в Македонию. Потом два месяца Арсений вместе со своей сестрой Христиной прожил в Янине. Там их посетил один из его друзей, незадолго до этого совратившийся в протестантскую ересь евангелистов, и оставил им чемодан, набитый еретическими книгами. Арсений велел сестре сжечь эти книги, потому что, как он сказал, «в них содержится много отравы».
Во время Коницкой битвы он, как доброволец, помогал ухаживать за ранеными и погребать убитых.
