Крайние формы революции в это время претят ему. На ноябрьском земском съезде 1905 г. он порывает с либералами-кадетами и их лидером П. Н. Милюковым и вместе с Д. Н. Шиповым основывает «Союз 17 Октября». С его помощью его брат, Н. И. Гучков (в те дни московский городской голова), провел резолюцию городской думы, осуждающую декабрьское вооруженное восстание. На выборах в I Государственную думу А. И. Гучков терпит поражение. В конце августа 1906 г. наперекор мнению либералов он открыто приветствует введение Столыпиным военно-полевых судов. Именно Гучкову принадлежит изобретение выражения «пламенный патриотизм», которое было использовано и сталинской пропагандой в довоенное время (с добавлением слова «советский»). Он считал, что именно патриотизм объединит большинство нации, партию октябристов, часть националистов и царское правительство.
С этого началась дружба Гучкова, ставшего председателем III Государственной думы, и Столыпина, возглавившего царское правительство и исполнявшего должность министра внутренних дел. Гучков внес свой вклад в усмирение России после первой революции. Но он же содействовал и тому, что в стране постепенно установилась политическая стабильность, способствовавшая промышленному и экономическому подъему, соблюдались скромные права человека, вошедшие в русскую действительность после первой революции. Гучков обеспечивал правительству Столыпина устойчивое большинство в Государственной думе, своим личным влиянием помогал укреплению третьеиюньского режима.
Но когда в 1911 г. Столыпин прибег к искусственному перерыву в работе законодательных учреждений, чтобы в порядке чрезвычайного правительственного законодательства (ст. 87 Основных государственных законов) провести проваленный в Государственном совете закон о земстве в западных губерниях, Гучков отказался в знак протеста от поста председателя Думы, отошел на время от политической деятельности и уехал на Дальний Восток. Однако он счел необходимым присутствовать на похоронах Столыпина, а в первую годовщину его убийства (сентябрь 1912 г.) приехал в Киев, чтобы почтить его память. Гучков первый разоблачил скандальную роль Григория Распутина при царском дворе и сказал об этом с трибуны Государственной думы, чем заслужил ненависть императорской четы. По указке правительства Гучков путем ряда махинаций не был допущен в IV Государственную думу.
Еще в 1913 г. Гучков уловил первые признаки новой революции и предрек близкую гибель царского строя. Он призвал представителей умеренных политических кругов российского общества перейти в оппозицию правительству и царской семье, чтобы к моменту неизбежного падения Николая II не выпустить из рук контроль за формированием новой власти. Летний кризис 1915 г. вновь вывел Гучкова на авансцену политической борьбы. В июле этого года он становится председателем Центрального военно-промышленного комитета, затем избирается, вопреки давлению царской семьи, членом Государственного совета. Осенью 1916 г. Гучков становится центральной фигурой группы (он, М. И. Терещенко, Н. В. Некрасов), планировавшей военный переворот.
