До 1551 года семейству Запольяи принадлежали и древние регалии венгерских королей, включая Священную Корону. Однако австрийский император Фердинанд Габсбург, принявший титул короля Венгрии, под угрозой силы потребовал их возвращения. Изабелла была вынуждена отдать реликвии и уехать из Трансильвании (согласно сообщению польского хрониста, перед тем как отдать Священную Корону послам Фердинанда, она отломила от нее крест и подарила его своему сыну Яношу Жигмонду, чтобы тот носил его в качестве наперсного). Венгерская же корона осталась в семье Запольяи как наследственная.
В 1571 году Янош Жигмонд умер, не оставив потомства, и Венгерская корона перешла в руки его ближайшего родственника — польского короля Сигизмунда II Августа, брата Изабеллы. Польский король относился к этой короне как к семейной реликвии, и хранил ее в своей личной сокровищнице в замке Тыкоцин. В 1572 году, когда король скончался, Венгерская корона сопровождала его прах во время торжественной церемонии погребения.
После смерти короля владелицей короны стала его вторая сестра Анна Ягеллонка. А вскоре судьба Венгерской короны вновь самым удивительным образом переплелась с судьбой трансильванских князей.
В 1571 году правителем Трансильвании стал князь Стефан Баторий (венг. Иштван Батори). Спустя пять лет он был избран королем Польши, и в том же 1576 году женился на Анне Ягеллонке, которая была на 10 лет старше своего избранника. Между тем группа влиятельных сенаторов Речи Посполитой, во главе которой стоял Якуб Уханьский, архиепископ-митрополит Гнезненский и тогдашний глава польской церкви (примас). Возражения примаса и его сторонников стали причиной того, что, когда Стефан Баторий с Анной приехали в Краков на торжество коронации, стражник коронной сокровищницы на Вавеле наотрез отказался выдать им польские коронационные регалии. Выход из этой ситуации нашла Анна Ягеллонка: она предложила Стефану Баторию короноваться Венгерской короной, некогда принадлежавшей семейству трансильванских князей.
По завершении коронационного сейма Стефан Баторий отправил Венгерскую корону вместе с другими регалиями в сокровищницу на Вавеле, где она хранилась до ноября 1795 года. После утраты Польшей независимости корона была похищена прусскими солдатами и какое-то время находилась в коллекции Гогенцоллернов в Берлине. А в 1809 году ее попросту уничтожили, как и большинство других польских королевских регалий. До наших дней дошло только изображение короны на портрете венгерского короля Лайоша I, написанном в XVIII веке Марчелло Баччиарелли и хранившемся в Мраморном зале Королевского замка на Вавеле. Судя по этому портрету, Венгерская корона была изготовлена в форме обруча, сверху прикрытого двумя широкими перекрещивающимися дугами, увенчана золотым шаром с крестом и украшена эмалью, драгоценными камнями и золотыми подвесками.
