В 1703 году корону снова вывезли в Вену. Формальной причиной стал пожар в замке Пожонь, вызванный ударом молнии, однако в реальности это было связано с разгоревшейся в Венгрии войной за независимость, которую возглавил Ференц Ракоци. Венгерское восстание, однако, потерпело неудачу, после чего в 1712 году корона вновь была возвращена в Пожонь. Она оставалась там до 1784 года.
Император Иосиф II, проводивший политику просвещенного абсолютизма, отказался возобновлять старый обычай короноваться на венгерский трон в Пожони и приказал вывезти корону в Вену. Перед смертью он, правда, отменил этот декрет, однако с 1790 года все австрийские монархи короновались на венгерский трон уже в городе Буда, который с 1867 года стал называться Будапештом. В последний раз этот торжественный ритуал имел место в 1916 году, при восхождении на трон последнего монарха Австро-Венгрии Карла IV. А более чем за полвека до этого, в 1848 году, венгры предприняли последнюю попытку отстоять свою независимость, подняв вооруженное восстание, охватившее все провинции Венгерского королевства.
30 декабря 1848 года лидер венгерской революции Лайош Кошут назначил Шамуэля Бониса государственным комиссаром, в обязанности которого входила забота о безопасности короны. В 1849 году, когда неприятельские войска приблизились к столице, Бонис вывез Священную Корону из Буды сперва в Пештский дворец, потом в Сольнок, а оттуда, переодевшись в торговца скотом, — в Дебрецен. Собравшееся там Народное собрание Венгрии приняло «Декларацию о независимости народа венгерского» и лишило Габсбургов короны, но не сумело принять решение о будущем государственном устройстве страны.
По возвращении в Будайский замок корона вернулась на свое старое место, но мир сохранялся недолго. Австрийцы и их союзники вновь вторглись в мятежную Венгрию. В эти трудные дни корона поочередно побывала в Сегеде, Надьвараде, Араде. Наконец, после десяти месяцев борьбы революция потерпела поражение. В августе 1849 года группа особо доверенных лиц (есть сведения, что в этом участвовал сам Лайош Кошут) укрыла Священную Корону и другие реликвии в тайнике на берегу реки вблизи городка Оршова (ныне на территории Румынии) в надежде, что когда-нибудь венгры опять поднимутся на борьбу, и тогда Священная Корона станет знаменем нового восстания. Все коронационные регалии сложили в окованный железом сундук, опустили его в глубокую яму, засыпали землей и прикрыли сверху листьями и ветвями.
