Святой апостол Марк считается основателем египетской церкви, он принял мученическую смерть в Александрии, где вплоть до мусульманского нашествия сохранялся культ его мощей. Первыми обращенными были греки, так что языком церкви стал греческий. Уступая по авторитетности только Риму, а на определенном этапе превосходя его по уровню интеллектуальной жизни, Александрийский патриархат был одним из столпов вселенской церкви вплоть до V века. Такие имена, как Климент Александрийский, святой Афанасий, Ориген и святой Антоний, основатель монашества, показывают, какой огромный вклад в развитие христианства внес Египет в первый период существования церкви.
Чтобы понять, как этот высокий уровень интеллекта позволил возникнуть расколу и ереси, необходимо знать, что Египет находился в сфере влияния Константинополя и правило в нем греческое меньшинство. Само по себе это не новость. На протяжении веков Египет подчинялся иноземцам, но пока египтяне поклонялись Амону-Ра и старым богам, они оставались особым народом и жили в ином мире, отличном от Александрии, которая всегда оставалась центром греческого влияния в Египте. Но когда вся страна стала христианской и миллионы людей по всей долине Нила забросили древние храмы и пришли в церкви, они оказались в духовном мире своих иноземных господ; в результате появилась потребность в национальной церкви. Усиление национальных и других различий привело к взрыву, который принял форму такого богословского движения, как монофизитство, особым образом описывавшего природу нашего Господа. Монофизиты утверждали, что Христос был только Богом, но не человеком, так что Его земное существование было не более чем видимостью. Эта ересь была осуждена на Вселенском соборе в Халкидоне в 451 году, и с того момента египетская церковь отделилась от остального христианского мира и пошла собственным, еретическим путем.
Значительная часть населения, рожденного в Египте, приняла монофизитство или готова была поверить в него, поскольку эту ересь осудил византийский император. Когда монофизитский патриарх Александрии как еретик был лишен сана, это произвело в Египте V века тот же эффект, что и высылка Заглул-паши в националистическом Египте XX века. Вся страна восстала, началось кровопролитие, и такая ситуация длилась почти два столетия, по мере того как патриархи, представлявшие то египтян, то греков, сменяли друг друга на престоле. Бунтующие монахи врывались в Александрию, чтобы поддержать патриарха или епископа, жгли и резали всех подряд, а потом уходили назад, в пустыню; по сути, это были неграмотные крестьяне, и при желании можно провести параллель между ними и современными участниками студенческих демонстраций в Египте.
