В октябре вооруженная милиция явилась в детский дом, организованный Ходорковским в Подмосковье, и вынесла оттуда все компьютеры. Через несколько дней в Москву на экономическую конференцию прилетел президент ExxonMobil Ли Рэймонд. У него была встреча с президентом.
Судя по всему, из разговора с ним у Путина сложилось впечатление (возможно, ошибочное), что Ходорковский планирует продать американской компании не 25 %, а контрольный пакет акций «ЮКОС-Сибнефти». Заместитель Ходорковского Александр Темерко признавал, что «такая компания, как ExxonMobil, не может быть миноритарным акционером. Конечно, они согласятся купить 25 %, но скажут, что им нужна опция приобретения контрольного пакета».
К этому времени, похоже, ярость Путина уже раскалилась добела. Президент ВР Джон Браун вспоминал позже: «Незадолго до ареста Ходорковского в частной беседе со мной Путин сделал эмоциональное, но жесткое замечание: “От этого человека я наелся грязи более чем достаточно”».
Путин потребовал от генерального прокурора Владимира Устинова выдать ордер на арест Ходорковского. Ордер был выписан 25 октября 2003 г. Нефтяной магнат улетел в Сибирь, по-донкихотски проигнорировав пришедший двумя днями ранее факс с подписью Устинова, в котором его вызывали в прокуратуру в связи с «нарушениями налогового режима нефтяной компанией ЮКОС». Когда его самолет сел на дозаправку в Новосибирске, вооруженная группа сотрудников ФСБ вошла на борт и вывела Ходорковского в наручниках.
Его открытое неповиновение силовикам заканчивалось. Лишением свободы и состояния.
Заголовки в прессе были красноречивыми: «Капитализм со сталинским лицом» («Независимая газета»). «Переворот в России» («Коммерсантъ»). Газета New York Times писала: «России грозит политический и экономический кризис. Стоимость ценных бумаг, облигаций и национальной валюты резко пошла вниз после того, как в прошедший уикенд был арестован самый богатый человек страны».
Коллеги Ходорковского по Союзу промышленников и предпринимателей сделали заявление, осуждавшее арест: «Сегодня российский бизнес не доверяет действующей правоохранительной системе и ее руководителям. От их произвола ежедневно страдают тысячи средних и мелких предприятий. Компании вынуждены пересматривать свои инвестиционные стратегии, отказываясь от значимых для страны проектов. Грубые ошибки власти отбросили страну на несколько лет назад и подорвали доверие к ее заявлениям о недопустимости пересмотра итогов приватизации».
