В конце октября 1798 года жители Каира совершили попытку восстания. Несколько человек из оккупационной армии было убито, и в течение нескольких дней восставшие оборонялись в укрепленных ими кварталах. По приказу Бонапарта их беспощадно усмирили. После того, как перебили арабов и феллахов, сражавшихся с оружием в руках, в течение нескольких дней казнили по 12 — 30 человек ежедневно.
Восстание в Каире было не единичным, происходили волнения и в соседних с городом селениях. Узнав о первом же из этих восстаний, Бонапарт приказал своему адъютанту Куразье направиться туда, окружить племя и перебить всех без исключения мужчин. Женщин и детей привезли в Каир, а дома, где они жили, сожгли. Множество детей и женщин, которых гнали пешком по пустыне, умерло по дороге. Вскоре после карательной операции на главной площади Каира появились ослы, навьюченные мешками. Когда мешки раскрыли, на площадь покатились головы казненных мужчин провинившегося племени.
Эти зверства, по свидетельству очевидцев, какое-то время держали население в ужасе и покорности.
Кроме этого, генерал Бонапарт не мог считаться с двумя обстоятельствами. Во-первых, адмирал Нельсон спустя два месяца после высадки армии Наполеона в Египте, нашел французскую эскадру, которая стояла в Абукире, напал на нее и уничтожил, а командующий французской эскадрой адмирал Брией погиб в битве. Это означало, что армия Наполеона оказалась отрезанной от Франции. Во-вторых, турецкое правительство не поддержало миф Бонапарта, будто бы он не воюет с Оттоманской Портой, а лишь наказывает мамелюков за обиды, которые те чинят французским купцам, и за угнетение арабов. Турецкий султан послал в Сирию свою армию.
Армия Наполеона двинулась из Египта в Сирию. Поход этот был необычайно тяжелый, если учесть, что войскам не хватало воды. Несмотря на это город за городом, начиная с Эль-Ариша, по очереди сдавались Бонапарту. После того, как французские войска перешли Суэцкий перешеек, они двинулись к Яффе и 4
марта 1799 года осадили этот город, который решил не сдаваться. Тогда Бонапарт приказал объявить жителям Яффы, что если они не сдадутся, а французы возьмут приступом их город, то все жители будут истреблены, в плен брать никого не будут. Но Яффа не сдалась.
6 марта французы пошли на штурм и захватили город. Солдаты истребляли всех, кто попадался им под руку.
Город был отдан на разграбление. Но 4 тысячи уцелевших турецких солдат при полном вооружении, в основном состоящие из арнаутов и албанцев по происхождению, заперлись в одном из районов города, и когда от них потребовали сдаться в плен, они объявили, что сдадутся лишь в том случае, если им будет обещана жизнь, иначе они намерены обороняться до последнего.
