После завоевания Александрии Бонапарт двинулся на юг, в пустыню. Его войска страдали от недостатка воды, так как население деревень в панике покидало свои дома, отравляя и загрязняя колодцы. Мамелюки медленно отступали, изредка идя на короткие стычки, после которых быстро скрывались от погони на великолепных лошадях.
Когда 20 июля 1798 года Бонапарт увидел пирамиды, он воскликнул: «Солдаты! Сорок веков смотрят на вас сегодня с высоты этих пирамид!» Здесь армия Бонапарта встретилась с главными силами мамелюков.
Сражение происходило между селением Эмбабе и пирамидами. Мамелюки потерпели полное поражение и, бросив значительную часть своей артиллерии — 40 пушек, — отошли на юг. Они потеряли несколько тысяч человек убитыми.
После этой победы войска Бонапарта вошли в город Каир, который был вторым по величине городом Египта. Население молча встретило завоевателя. Люди не только ничего не слышали о Бонапарте, но даже с трудом представляли, откуда он явился вместе со своими войсками.
Каир оказался намного богаче Александрии. Здесь армия сумела отдохнуть после тяжелого перехода.
Арабы были запуганы и относились к завоевателям с большой напряженностью, которая еще больше усилилась после того, как Бонапарт отдал приказ сжечь село Алькат недалеко от Каира, заподозрив его жителей в убийстве нескольких французских солдат. Так он впоследствии поступал всюду: его солдаты должны были видеть, как страшно он карает каждого, кто посмеет поднять руку на французского воина.
Утвердившись в Каире, Бонапарт принялся организовывать управление. В каждом селении власть была сосредоточена в руках французского начальника гарнизона. При нем находился совещательный «диван» из наиболее именитых и состоятельных местных граждан. Бонапарт строго предупредил своих командиров, что магометанская религия должна пользоваться полнейшим уважением, а мечети и духовенство — неприкосновенностью. Сбор податей и налогов был устроен так, чтобы страна содержала французскую армию. Местные начальники должны были организовывать полицейский порядок, охранять торговлю и частную собственность. Были отменены все земельные поборы, которые ранее взимались беями-мамелюками. Имения непокорных и продолжавших войну беев, которые бежали к югу, отошли к французской казне.
Здесь, как в Италии, Бонапарт стремился к уничтожению феодальных отношений и искал опору среди арабской буржуазии. Таким образом, в стране была установлен военная диктатура, централизованная власть которой была сосредоточена в руках генерала Бонапарта.
