Бонапарту и Талейрану не пришлось долго уговаривать Директорию дать деньги, солдат и флот для далекого и опасного похода. Директория тоже видела пользу и смысл в этом завоевании, кроме этого, она хотела убрать Бонапарта подальше от Парижа. «Я уже не умею повиноваться», — открыто признался Бонапарт в своем штабе, когда вел переговоры о мире с австрийцами. Директория об этом прекрасно знала. На чествовании его 10 декабря 1797 года Бонапарт вел себя не как молодой воин, который с волнением и благодарностью принимает похвалу от отечества, а как древнеримский император, — он был холоден, почти угрюм, неразговорчив, принимал все происходившее как должное и обыденное. Это не ускользнуло от глаз директоров. Судьба египетской кампании была решена: главнокомандующим был назначен генерал Бонапарт. Это произошло 5 марта 1798 года.
Бонапарт сразу же принялся готовить экспедицию. Он осматривал корабли, отбирал солдат для экспедиционного корпуса, от его зоркого взгляда не ускользала ни одна мелочь. Кроме этого, инспектируя берега и флот, формируя свой экспедиционный корпус, Бонапарт продолжал внимательно следить за мировой политикой, а также за слухами о передвижении эскадры английского адмирала Нельсона.
Бонапарт чуть ли не поодиночке отбирал солдат для своего экспедиционного корпуса. Его окружение поражало, какое громадное количество солдат он знал индивидуально. Это еще раз подтверждало его исключительную память. И впоследствии Наполеон не только правильно выбирал своих маршалов, но он правильно выбирал также и капралов, если это было нужно.
Сейчас он выбирал солдат, способных воевать под палящим солнцем, при 50 градусах жары, которые бы были способны долго обходиться без воды. Это были сильные, выносливые люди. 19 мая 1798 года экспедиционный корпус был сформирован и флот Бонапарта отплыл из Тулона. В нем было около 350 больших и малых судов и барок, на которых разместилась армия в 30 тысяч человек с артиллерией. Теперь главной задачей флота было избежать встречи с эскадрой Нельсона, которая могла потопить его.
Европа знала о подготовке морской экспедиции, во главе которой стоял генерал Бонапарт, что само по себе указывало на ее исключительную важность. Но куда отправится экспедиция, никто не знал. Наполеон сумел искусно распространить слух, будто он намерен пройти через Гибралтар и, обогнув Испанию, высадиться в Ирландии. Слух этот обманул адмирала Нельсона: он ожидал Наполеона у Гибралтара.
