Португальцам не сразу удалось подчинить все эти арабские поселения. Постоянные восстания отмечены на протяжении XVI — XVII вв. Весьма характерна история Юсуфа бен-Ахмеда, который, приняв крещение в Гоа, получил имя Иеронима и был назначен шейхом Момбасы. Войдя в доверие к португальцам, он в 1630 г. возглавил восстание. Захватил укрепленный монастырь и форт Жезу Момбасы и перебил португальцев.
Восстание 1631 года вошло в анналы истории Мо-басы. Подробное сообщение о нем оставил анонимный автор итальянской рукописи «Рассказ о восстании Иеронима Чингулия, короля Момбасы». Иероним в детстве воспитывался у священников и монахов Авгу-стинского ордена, и король Португалии поставил его над Момбасой.
Неизвестный автор так описывает события: «Во время визита к коменданту крепости король напал на него и завладел всеми ключами. После этогЪ свита короля сняла португальских часовых. Со стен крепости король подал сигнал к восстанию. Когда португальцы увидели, что лишились своего военного оплота — крепости, они с чадами и домочадцами, захватив все свои драгоценности, • продукты и оружие, бросились искать прибежища в августинском монастыре св. Антония».
Повстанцы арестовали всех португальцев, сожгли их дома и убили монахов-августинцев. Только тем, кто, подобно королю Момбасы, принял ислам, удалось сохранить жизнь и имущество. Обитель августинцев была подвергнута орудийному обстрелу и лишь немногим португальским священникам и купцам посчастливилось спастись на острове Пате, откуда они сообщили о случившемся вице-королю в Гоа.
Тот немедленно отправил карательную экспедицию — португальскую эскадру под командованием генерала де Мора. Она прибыла к Момбасе в янва-ре1632 г., но была встречена сильным артиллерийским огнем и не смогла высадить десант. Начинался период муссонов, путь в Индию был для португальцев закрыт, и они отступили к Занзибару. Три коробля остались в Пате, чтобы держать Момбасу под контролем. Когда год спустя португальские суда снова подошли к Момбасе, они обнаружили, что Форт Жезу, да и весь город полностью уничтожены. Правитель Момбасы с огромной дружиной, все население со своим имуществом отступили в глубь страны и увели туда артиллерию. Отсюда повелитель Момбасы до 1637 г. предпринимал набеги на португальцев. Помощь и поддержку он нашел на севере — у турок. В 1634 г. португальцы снова возвели дорогостоящие оборонительные сооружения. Фундамент новой португальской крепости закладывали колонисты Пате и Занзибара.
