Трудную войну пришлось вести Новгороду с пограничными литовскими князьками, которые, пользуясь отвлечением основных новгородских сил на войну с немецкими рыцарями, резко активизировали свои набеги. Предупредить эти набеги было почти невозможно: литовцы пробирались по лесистым водоразделам, обходили крупные города и нападали на маленькие городки и села. Захватив добычу и пленных, они старались быстро уйти по глухим лесным тропам. Князь Александр Невский применил единственно возможную тактику: перехватывать отступавших литовцев и отбивать добычу. Для этого требовались стремительность, хорошее знание местности и военных хитростей врага, решительность – качества, которыми отличался Александр Невский. Некоторые годы были отмечены целой серией литовских вторжений, особенно на южные лесистые и наименее охраняемые окраины Новгородской земли. Так, в течение 1243 года дружина Александра Невского разгромила «семь ратей», и, по словам летописца, литовцы «начата блюстися имени его».
В 1245 году литовцы напали большими силами. Они «воевали Торжок и Бежецкие волости», захватили большую добычу. За ними пошел в погоню из Торжка князь Ярослав Владимирович, но потерпел поражение в первой же битве: литовцы «многих избили и коней поимали». На помощь спешили рати из Твери и Дмитрова. Вместе с тверичами и дмитровцами князь Ярослав Владимирович снова выступил против литовцев и догнал их под Торопцом. И вновь потерпел поражение: «был бой великий под Торопцом, и бились весь день, и одолела Литва, и бежал князь в Торопец». Казалось, война проиграна. Но той же ночью в Торопец прибыл со своей новгородской дружиной князь Александр Невский, преодолев за считанные дни расстояние в триста шестьдесят верст. Наутро опять была «брань великая и сеча злая». По словам летописца, тогда «победили Литву и отняли полон весь». Новгородцы вернулись обратно, а Александр Невский с одной своей конной дружиной («с двором своим») продолжал погоню, догнал врага под Жижичем и разгромил. На обратном пути в Новгород он «встретил иную рать, и сотворил с ними битву великую, и одолел супостатов». Три победы подряд после обидных поражений – это поистине удивительно!
Выдающимся полководцем и дипломатом проявил себя Александр Невский и в войне со шведами, которые старались завоевать Финляндию и создать надежный плацдарм для наступления на Северо-Западную Русь: после отрезвляющего поражения в Невской битве шведский король уже не решался на авантюристические вторжения непосредственно в новгородские владения. Второй крестовый поход шведских феодалов был направлен на Финляндию, на самую дальнюю окраину новгородских владений, заселенную финским племенем емь. В Швецию снова приехал папский легат Вильгельм, получивший к тому времени сан кардинала Сабинского, и вел переговоры с королем Эриком и ярлом Биргером. Тогда и был решен вопрос о походе. Осенью 1249 года большое войско во главе с Биргером высадилось на побережье Финляндии и двинулось в глубь страны, к центральным финским озерам. Подробности этого похода неизвестны. Автор «Хроники Эрика» отметил только, что «язычники потерпели поражение, а христиане победили». Началась шведская колонизация страны, обращение в католичество местного населения – еми, которое раньше тяготело к Новгороду. «Хроника Эрика» добавляла:
