Одновременно с преподавательской работой он активно занимается научной деятельностью. Следует отметить, что, еще будучи студентом Полтавской духовной семинарии, Н. И. Сагарда публиковал статьи на страницах «Полтавских епархиальных ведомостей». После возвращения в Полтаву из Санкт–Петербурга Николай Иванович продолжил активное сотрудничество с этим изданием. На протяжении 90–х г. XIX столетия, помимо научных разработок своего главного труда «Первое соборное послание св. Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова» (кандидатской, а затем магистерской диссертации), он опубликовал ряд работ различной богословской тематики. Чтобы понять глубину и всестороннее владение различными предметами, приведем только несколько названий: «Св. Апостол и Евангелист Богослов» (1896 г.), «Порядок событий раннего детства Христа Спасителя» (1898 г.), «Смысл и значение слов: "и абие изыде кровь и вода"» (1898 г.), «К житию св. Ефрема Печерского, еп. Переяславского» (1895 г.), «Русская православная миссия в Китае» (1900 г.). Такое трудолюбие поражает тем более, что Николай Иванович находился в условиях, неблагоприятных для научной деятельности.
Политическое и философское мировоззрение Н. И. Сагарды в полной мере проявилось в докладе «Славянофильство и его идеалы», прочтенном в актовом зале Полтавской духовной семинарии в 1902 г. в день памяти святых Кирилла и Мефодия. Это выступление определенным образом повлияло на дальнейшую судьбу Николая Ивановича, так как закрепило за ним ярлык, по мнению коммунистических идеологов, украинца–славянофила.
Как истинный сын своего отечества, Николай Иванович не забывал и об истории родного края. В 1897 г. он опубликовал исторический очерк о городе своего детства Золотоноше, его святых храмах. Он был одним из учредителей Полтавской ученой Архивной Комиссии, основанной 26 октября 1903 г., в которую входили такие видные ученые, как И. Ф. Павловский, JI. В. Падал–ка, В. Василенко и др., занимавшиеся исследованием истории и культуры Полтавщины.
В мае 1898 г. Н. И. Сагарда обратился с письмом к профессору Η. Н. Глубоков–скому, входившему в Совет Санкт–Петербургской духовной академии. В письме высказывалась просьба о представлении научной работы «Первое соборное послание св. Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова. Исагогико–экзегети–ческое исследование» на соискание студенческой премии высокопреосвященного митрополита Макария. После рассмотрения Советом Академии вышеуказанного исследования Н. И. Сагарда был удостоен Макарьевской премии.
