Зато личная жизнь складывалась не слишком удачно. Шампольон заболел, его посещала депрессия, работы не было. Теперь он жил в Париже. Братья делили дом на улице Мазарин, рядом с Французским институтом, где Жак-Жозеф нашел себе работу.
Жану-Франсуа удалось прочитать на Розеттском камне имя «Птолемей» это означало, что он теперь мог в любом тексте узнать иероглифические знаки «Р», «Т», «W», «L», «M», «Y» и «S». Но у Розеттского камня как раз в той части, которая содержала иероглифы, был отколот кусок. Ученый переключился на другие тексты, составленные с помощью иероглифов. Изучил «Обелиск Бэнкса» и обнаружил на нем слова «Птолемей» и «Клеопатра». Однако в них было одно любопытное отличие. В слове «Птолемей» буква «Т» была начертана, как «шаровой сегмент», а в слове «Клеопатра» >_ как «рука». Эти две буквы, согласно Шампольону, были омофонами: звучат одинаково, а пишутся по-разному. Стало ясно, что иероглифическое письмо гораздо сложнее, чем предполагалось ранее. Исследователю удалось взглянуть на надписи из храма Карнака в Фивах и прочитать имя Александра. Вскоре он уже воспроизвел фонетический алфавит, применимый ко всем греко-романским именам, написанным по-египетски. Теперь он был готов приступить к расшифровке имен египетских фараонов.
14 сентября 1822 г. Жан-Франсуа, как обычно, работал дома. Недавно он получил точные копии текстов, украшавших храмы Рамессиды в Нубии. Это были подлинные надписи на египетском языке, на 1500 лет старше Розеттского камня. Взглянув на копии, ученый сразу стал выискивать в тексте картуши с именами царей и цариц. К своему великому удивлению, он обнаружил, что может разобрать имена, знакомые ему по работам античных авторов. Это были уже имена египетских фараонов Рамсеса и Тутмоса. Его радости не было предела. Он выскочил из дома и побежал в расположенный рядом институт, ворвался в дверь и закричал: «Je tiens l'asaire!» («У меня получилось!») – и рухнул без сознания на пол. Вначале Жак-Жозеф в ужасе подумал, что младший брат умер.
27 сентября 1822 г. открытие Жана-Франсуа Шампольона было представлено Академии письменности в Париже в виде «Письма господину Дасье касательно фонетического иероглифического алфавита, используемого египтянами» (Бон-Жозеф Дасье занимал должность секретаря Академии). Впоследствии «Письмо» было переведено на множество языков. Не все признали систему расшифровки Шампольона; некоторые, включая Томаса Юнга, обвиняли его в том, что он украл идею у других исследователей, а кое-кто и вовсе отказывался верить переводу. Но Жан-Франсуа не отчаивался, он отправился в Италию, посетил Туринский музей, где хранилось множество иероглифических текстов, и внес в свою работу некоторые изменения. В 1824 г. он опубликовал «Precis du Systeme hiéroglyphique des anciens égyptiens» («Обзор иероглифической системы древних египтян»), где объяснил сложности иероглифов:
