Жан-Франсуа начал посещать частную школу, овладел латинским и греческим языками, а затем стал делать успехи в арабском, древнееврейском, сирийском и халдейском языках. Ему даже посчастливилось познакомиться с Жаном-Батистом Жозефом Фурье, членом «Комиссии» Наполеона, страстно интересовавшимся всем, что касалось Египта. Фурье приехал в Гренобль работать над «Описанием» и нанял Жака-Жозефа подготовить предисловие. Именно Фурье первым показал одиннадцатилетнему мальчику иероглифы.
Когда в Гренобле открылся новый государственный лицей, или общеобразовательная школа, Шампольон-младший успешно сдал экзамены и стал одним из ее первых учеников, получив государственную стипендию, которая покрывала две трети платы за обучение. Заботливый Жак-Жозеф оплатил недостающую сумму.
Жан-Франсуа глубоко возненавидел эту перемену в своей жизни, хотя и никому не говорил об этом. Ему не нравилась царящая в заведении военная дисциплина, необходимость учить математику, а еще то, что приходилось подчиняться строгому учебному расписанию, которое, как ни странно, не предусматривало изучение арабского, древнееврейского, сирийского и халдейского языков. Но понимая, что нигде в другом месте он не сможет получить образование лучше, ему удалось несколько лет терпеть пребывание в этом месте, самостоятельно изучая коптский, итальянский, английский и немецкий языки. Только в 1807 г., когда в лицее вспыхнул бунт против суровых условий, Жак-Жозеф смягчился и позволил брату жить дома и посещать не все занятия. В августе обучение подошло к концу, и молодой Шампольон решил отправиться в Париж и продолжить изучение древних языков.
Уже тогда Жан-Франсуа полностью посвятил себя Египту и расшифровке иероглифов. И он был не одинок. Согнувшись над книгами в библиотеках, интеллигенция Европы ломала голову над загадкой. В этой гонке не было призов, разве что шанс стать первым, кому удастся познать утраченную мудрость египтян, но для многих иероглифика превратилась в настоящую одержимость. Высокопрофессиональные ученые не желали делиться своими открытиями, каждый хотел лично открыть миру тайну. Как в страшном сне, преследовала их мысль о том, что может опередить кто-то другой, возможно, какой-нибудь неизвестный соперник из Англии или Германии. Ученые и приблизительно не представляли, каких успехов достигли коллеги. Они даже толком не знали, кто именно трудится над решением этой древней загадки.
Все это служило для Жана-Франсуа стимулом. К счастью, Жак-Жозеф, обладавший талантом к языкам, прекрасно осознавал сложившуюся ситуацию. Он уже пытался, правда, неудачно, расшифровать Розеттский камень и готов был оказать младшему брату как финансовую, так и моральную поддержку, несмотря на то, что к тому времени уже обзавелся семьей:
