После битвы на Ниле французские войска сильно поредели, утратили боевой дух и остались без средств. Они находились в Каире в течение трех лет, со временем углубившись дальше на юг до самого Асуана, но постоянно подвергались набегам турок, англичан и мамлюков, страдали от местных бунтов, болезней, к которым теперь присоединилась и чума. После бессмысленных кампаний против турок в Палестине их число еще больше сократилось. 18 марта 1801 г. высадились англичане, а тремя днями позже была взята Александрия. Через три недели после этого в поддержку англичан прибыла турецкая армия. Французы были вынуждены отступить, а войска союзников взяли погибающий от чумы Каир. Оттоманское правление было восстановлено, захватчикам предложили мирно, хоть и с позором, убраться восвояси. К тому времени от французской армии осталась приблизительно треть. Наполеон удивительно равнодушно отнесся к такому несчастливому повороту событий. Он набрал команду на быстроходный корабль и выбрался из английской блокады 22 августа 1799 г., а затем, после неожиданно удачного военного переворота, провозгласил себя императором Франции. На родине никто толком не понимал, какое унизительное фиаско он потерпел в Египте. Официально кампания имела огромный успех, даже была отчеканена монета в честь Наполеона «Освободителя Египта».
С точки зрения археологии, этот поход и правда имел большой успех. Вместе с Наполеоном в Египет отправилась команда из 167 известных ученых, в числе которых были пятьдесят два инженера, одиннадцать топографов, восемь медиков, семь химиков, шесть переводчиков, пять архитекторов, пять дизайнеров и пять типографов, четыре минералога, четыре астронома и четыре экономиста, три ботаника, три зоолога, три фармацевта, три художника и три археолога, два писателя и два музыканта, один гравер и один скульптор, а также студенты самых разных специальностей. Вместе им было поручено заниматься исследовательской работой, записывать и публиковать естественнонаучную и древнюю историю Египта.
Среди них особо заслуживает внимания барон Доминик Вивант Денон, человек, обладавший большой харизмой. Всемирно известный художник, писатель и дипломат, он был близким другом общеизвестной мадам де Помпадур и, по слухам, любовником не одной европейской королевы. Находясь на службе у Людовика XV, а затем Людовика XVI, он был вхож в королевскую семью. К счастью, когда началась революция, Денон находился в Венеции; хоть он и потерял все, что имел, и был вынужден зарабатывать на жизнь, продавая свои картины, ему удалось сохранить голову. Жозефина представила Денона Наполеону, и, после некоторого периода взаимного недоверия, эти двое стали хорошими друзьями. Генерал предложил Денону возглавить его миссию в Египте, и тот последовал вместе с армией на юг.
