Картера отправили помогать Навиллю в Дейр эль-Бахри. Он должен был наблюдать за тем, как проходят работы по снятию копий с рельефов, украшавших галереи. Основываясь на полученном ранее опыте, он разработал целую систему, которая позволила ему получать удивительно точные копии, опубликованные впоследствии Навиллем в его 6-томнике «Храм в Дейр эль-Бахри» (1985–1906). Когда стало очевидным, что Картер нуждается в помощи, поскольку район работ невероятно велик, к команде присоединился его старший брат Вернет. Он, будучи профессиональным художником, так же мастерски владел карандашом, как и Картер, рисунки братьев отличить было практически невозможно. Но Вернет посчитал, что в Египте слишком жарко, и этот сезон оказался первой и последней их совместной работой. Говард, вместе с талантливыми помощниками, оставался в Дейр эль-Бахри вплоть до 1899 г., когда его пригласили занять постоянное место в «Египетской службе древностей».
Гастон Масперо, ныне вновь занявший свою место после отставки Лоре, собрал достаточно средств, чтобы назначить двух инспекторов по раскопкам. Один из них, Джеймс Квибелл, должен был находиться в Каире и отвечать за все северные участки, а также за Дельту. Другой, Говард Картер, обязан был проживать в Луксоре и наблюдать за всеми южными участками. Инспектора отвечали за все, что касалось археологии. Им полагалась следить, чтобы раскопки проводились должным образом, охранять их и принимать меры по сбережению найденного, а также предотвращать кражи и вандализм. Принимая во внимание немалый размер страны, а также количество и протяженность объектов исследования, задача эта была более чем сложной. Но Картер взялся за нее с превеликим удовольствием.
Его первым заданием было поставить двери в открытых гробницах Долины царей. Сначала двери сделали из дерева, но вскоре от них пришлось отказаться: они не спасали от воров. Вместо них установили железные ворота и решетки, несмотря на то, что те оказались некрасивыми и не соответствовали архитектурному ансамблю. Одновременно в самые популярные гробницы провели электричество, а для удобства многочисленных туристов, поток которых день ото дня все увеличивался, предоставили ослов. Картер хорошо понимал, что железные двери – это необходимость. В гробнице Аменхотепа II уже имел место неприятный инцидент. Охрану скрутили, хотя Картер подозревал, что им просто заплатили: расхитители гробниц давали взятки еще 3000 лет назад, и коррупция стала в этой стране настоящей проблемой. Из коридора украли принца и его лодку, оставленных там на обозрение туристам. Принца позднее нашли, но он был в непоправимо плохом состоянии, а лодка, приобретенная одним из торговцев антиквариатом, ныне стоит в Каирском музее. Тело Аменхотепа II не пострадало, но грабители сняли с него ткань в поисках сокровищ. Картер твердо решил найти воров. И один подозреваемый у него уже был – печально известный Мухаммед Абд эль-Рассул, живший вблизи гробницы.
