Надежды тюремщиков оказались напрасными. Вместо уныния и покорности Бабушкин нередко начинал напевать вполголоса песню, которую пели его товарищи-рабочие, вспоминая на лесной полянке учителя и друга — Ф. Энгельса:
Придет желанная свобода, Всю нечисть выметет дотла!
На третьем допросе, в начале зимы 1896/97 года, Кузубов грозил Бабушкину лишением свидания с матерью, намекал даже на «крупные неприятности», которые может причинить матери его «недопустимое запирательство». Бабушкин любил мать, но все же остался по-прежнему тверд и непреклонен.
Более года провел Иван Васильевич в полном одиночестве, запертый в маленькой четырехугольной каменной клетке.
«Громаднейшее здание внушило с первого же взгляда к себе ненависть, но пришлось поближе ознакомиться с ним и сжиться с его привычками и уставами, а тринадцатимесячное с лишним заключение заставлю пережить все волнения, возникавшие за это время. За все это время не пришлось перекинуться ни единым словом, ни с одним из товарищей, тут же рядом сидевшими и, подобно мне, одинаково молчавшими, поддерживая гробовую тишину в продолжительные и длинные месяцы», — писал Иван Васильевич в своих «Воспоминаниях».
Екатерина Платоновна несколько раз приходила в тюрьму, добиваясь свидания; подавала прошения в департамент полиции о скорейшем рассмотрении дела ее сына.
Однако свидания ей не дали. Тогда она ходатайствовала «об оставлении, по освобождении из тюрьмы, сына в С.-Петербурге», ссылаясь на его болезненное состояние. На прошении матери чиновник департамента полиции наложил краткую и сухую резолюцию, даже не приводя мотивов отказа: «Удовлетворено быть не может. 30 ноября 1896 г.».
Ниже этой бездушной резолюции обычным канцелярским почерком сделана приписка:
«Просительнице объявлено».
Полное одиночество, даже отказ от свидания с матерью не сломили твердости узника: он продолжал держаться прежней тактики.
Наконец канцелярия по производству особых уголовных дел при министерстве юстиции закончила доклад министру внутренних дел о «государственном преступлении 88 лиц», в числе которых указаны руководители «Союза борьбы» и рабочие — члены подпольных марксистских кружков.
В докладе отмечено, что, «начиная с декабря 1894 г., в столице стали разновременно возникать волнения среди заводских и фабричных рабочих, как-то: на Невском механическом заводе, в Новом Порту, в Новом Адмиралтействе, на Путиловском заводе, на фабриках Лаферма и Торнтона, причем среди рабочих подбрасывались воззвания, подстрекавшие к сопротивлению и борьбе с хозяевами и начальством… Еще в половине 1894 г. среди социал-демократов возникла центральная группа, в которую входили: помощник присяжного поверенного Владимир Ульянов, студенты Технологического института Василий Старков, Петр Запорожец. Результатом такой деятельности социал-демократов были упомянутые волнения на петербургских фабриках и заводах и распропагандирование многих рабочих, среди которых социал-демократы нашли себе деятельных сотрудников».
