Литературный сентиментализм, который прославил Карамзина-литератора, безусловно, присутствует и в его оценках царя Бориса. Под пером историографа Годунов предстает мятущейся фигурой; своими грехами он погубил величие цели и мучается от этого: «Между тем, устраняя будущие мнимые опасности для юного Феодора, робкий губитель трепетал настоящих: волнуемый подозрениями, непрестанно боясь тайных злодеев и равно боясь заслужить народную ненависть мучительством, гнал и миловал». Карамзину удалось найти интересные трактовки человеческого характера Бориса Годунова, хотя их и нельзя ничем проверить, можно только доверять или не доверять его историческому чутью. «Он не был, но бывал тираном», — писал о Борисе Годунове историк. Царь действовал «как искусный политик, но еще более как страстный отец, и своим семейственным счастием доказывая, сколь неизъяснимо слияние добра и зла в сердце человеческом!». Жизнь и дела Годунова показаны у Карамзина более сложно, чем это делалось раньше в исторических трудах. Неизбежное возмездие Годунову за пресловутый грех властолюбия в «Истории государства Российского» по-прежнему присутствует, но каждый раз историограф если не ищет оправдания царю Борису, то стремится полнее раскрыть его характер, уходя от однозначных трактовок и обвинений. Политика Бориса Годунова, по мнению Карамзина, была «вообще благоразумной, не чуждой властолюбия, но умеренного: более охранительной, нежели стяжательной».
Особенную симпатию Карамзина заслужил Годунов-семьянин. В описании любви к сыну и наследнику царевичу Федору начинают звучать личные мотивы историка, переживавшего драму, связанную с потерей сына. Борис Годунов характеризуется Карамзиным как «ревностный наблюдатель всех уставов церковных и правил благочиния, трезвый, воздержный, трудолюбивый, враг забав суетных и пример в жизни семейственной, супруг, родитель нежный, особенно к милому ненаглядному сыну, которого он любил до слабости, ласкал непрестанно, называл своим велителем, не пускал никуда от себя, воспитывал с отменным старанием…».
Карамзин привнес в описание Бориса еще одну отсылку к современным обстоятельствам, относящимся к исторической эпохе после Отечественной войны 1812 года, когда на русского царя Александра I «смотрела» как на героя вся Россия. Но подобно тому, как Борис Годунов никогда не мог избавиться от подозрений в причастности к смерти царевича Дмитрия, так и Александр I оказался связан с драмой цареубийства, положившего конец царствованию его отца Павла I. «И так не удивительно, что Россия, по сказанию современников, любила своего Венценосца, желая забыть убиение Димитрия или сомневаясь в оном!» Пусть даже мысль Карамзина не простиралась до того, чтобы в чем-то обвинять Александра I, читатели могли увидеть опасные аналогии, задуматься над значением народного мнения. Александр I повторял судьбу Бориса Годунова, хотя современникам Карамзина об этом страшно было не только сказать, но и подумать: «…Венценосец знал свою тайну и не имел утешения верить любви народной; благотворя России, скоро начал удаляться от Россиян».
