Однако церковная уния 1596 года (известная как «Брестская»), достигнутая частично благодаря подкупу ряда православных иерархов, частично благодаря силовому давлению, поставила православную церковь на территории Речи Посполитой вне закона. Отбираются церкви, монастыри, изгоняются священники. Любое сопротивление карается силой. Именно в этих условиях становится ясно, что мирным путем отстоять свою идентичность будет невозможно. Начинается эпоха казацких войн, соединившаяся с украинским возрождением по сути и целям.
Казачество в Украине значительно отличалось от аналогичных явлений на юге России. Правда, начиналось все так же: буйные головы бежали в вольные края в поисках свободы, добычи и приключений. Географическое положение Украины, своеобразного буфера на пути турецко-татарской агрессии в Речь Посполитую и Московское государство, еще больше способствовало быстрому росту казаков. Но были и отличия. Прежде всего то, что казаками зачастую становились люди родовитые, которым не нравились порядки в Речи Посполитой, а сами казаки быстро превращались в политическую оппозицию, защитников православия и соответственно — национальной идеи. И все чаще украинская шляхта связывала свою судьбу с Войском Запорожским.
Еще более привлекательным для украинской шляхты стало казачество после образования легальных «реестровых» полков на службе у польского короля. Такая служба открывала перспективу карьерного роста «среди своих», получения социальных и материальных льгот и избавления от произвола польских властей. Постепенно реестровые, прежде всего их старшина[2], начинают претендовать на административные функции в районах, отведенных им для жизни польским правительством в Украине.
Казачество становится грозной силой, не считаться с которой в польском правительстве уже не могли. Все восстания проходят под знаком защиты православия и расширения льгот казачества. В начале XVII века казаки добиваются официального восстановления православия в Речи Посполитой, отстаивают от притязаний униатов Киево-Печерскую лавру и возводят на должность митрополита Иова Борецкого, а после его смерти — Петра Могилу. Настоящим сплавом украинской элиты и казачества становится прославленная Киево-Могилянская академия, первое высшее учебное заведение в Восточной Европе, давшее десятки политических и духовных лидеров Украине и России.
Восстание Богдана Хмельницкого коренным образом меняет всю ситуацию в Речи Посполитой и в Восточной Европе. Поляки терпят сокрушительное поражение. Вся реальная власть на огромных территориях Киевского, Черниговского и Брацлавского воеводств переходит в руки казацкой старшины. Десятки тысяч бывших крепостных становятся свободными и пополняют ряды казацких полков. Крым, Турция, Москва, Трансильвания, Швеция и другие заинтересованные в Восточной Европе страны начинают переговоры с Хмельницким.
