Недаром появление польских войск в Литве и Белоруссии сразу же вызвало локальные восстания. Обострение антагонизма заставило Пилсудского в дальнейшем отказаться от поддержки белорусского национального движения. Несмотря на то что некоторые польские газеты еще в марте с возмущением писали о бесчинствах армии на востоке, захват Вильно был ознаменован растянувшейся на несколько недель вакханалией расправы над защитниками или просто сочувствующими советской власти людьми: арестами, отправкой в концлагеря, пытками и истязаниями в тюрьмах, расстрелами без суда, в том числе стариков, женщин и детей, еврейским погромом и массовыми грабежами. Местные жители оказывались совершенно беззащитными перед произволом и извращенными эксцессами армии страны, называвшей себя бастионом христианской цивилизации в борьбе против большевизма и вообще «восточного варварства». По свидетельству представителя польской администрации на оккупированных территориях — Гражданского управления Восточных земель (ГУВЗ) М. Коссаковского, убить или замучить большевика не считалось грехом. «В присутствии генерала Листовского (командующего оперативной группой в Полесье) застрелили мальчика лишь за то, что якобы недобро улыбался». Один офицер «десятками стрелял людей только за то, что были бедно одеты и выглядели, как большевики… были убиты около 20-ти изгнанников, прибывших из-за линии фронта… этих людей грабили, секли плетьми из колючей проволоки, прижигали раскаленным железом для получения ложных признаний». Коссаковский был очевидцем следующего «опыта»: «кому-то в распоротый живот зашили живого кота и побились об заклад, кто первый подохнет, человек или кот».
Вся экспансионистская программа прикрывалась лозунгом создания федерации во главе с Польшей. 15 апреля Польша предложила Литве восстановить польско-литовскую унию, но это предложение не нашло поддержки в Каунасе. Тем не менее польское руководство планировало обставить захват Вильно как акцию, необходимую для свободного объединения Польши и Литвы. 19–21 апреля поляки под командованием генерала Рыдз-Смиглы выбили из Вильно части Красной армии, но создать польско-литовское правительство не удалось. Вместо него ГУВЗ установило на литовских землях власть военно-оккупационного характера. Таким образом, обещание Пилсудского, содержащееся в его воззвании «К жителям бывшего Великого Княжества Литовского», о том, что он хочет дать им «возможность разрешения внутренних, национальных и религиозных проблем по собственному усмотрению, без какого бы то ни было насилия или давления со стороны Польши», осталось невыполненным, что еще уменьшило шансы на соглашение с национальным литовским правительством. Страны Антанты не спешили узаконить польский захват.
