Аматуни был легко ранен в первом же бою, поэтому желание воевать у него пропало, и, возвратившись домой, он продолжил учебу в гимназии. Азербайджан стал советским 28 апреля 1920 года, но уже 26 мая мусаватисты организовали мятеж. В Гяндже они разоружили подразделение 20-й горно-стрелковой дивизии и, захватив мусульманскую часть города, пытались занять железнодорожную станцию. Однако 31 мая части 11-й Красной Армии разогнали мятежников. Быстро сориентировавшись при новой власти, выпускник гимназии принялся устраивать свою «политическую» карьеру и стал председателем Гянджинского окружкома комсомола. Но поскольку продвигаться по служебной лестнице в среде азербайджанцев ему было бы сложно, то в июне 1921 года Аматуни перебрался в Армению, где получил место заведующего агитотделом, а затем — секретаря ЦК комсомола республики.
В Закавказье межнациональные отношения всегда были сложными, полными взаимного недоверия и межнациональной вражды. Но 13 декабря 1922 года состоявшийся в Баку 1-й Закавказский съезд Советов объявил о преобразовании в Закавказскую Социалистическую Федеративную Советскую Республику входивших в нее Азербайджанской, Армянской и Грузинской ССР при сохранении их самостоятельности. В начале 1923 года Аматуни оказался в Тифлисе, где прошел путь от заворготделом до секретаря Заккрайкома ВЛКСМ. В январе 1926 года его направили на учебу в Московский Институт красной профессуры, являвшийся «гнездом» правых оппозиционеров, в котором Бухарин выращивал кадры своих приверженцев. Проучившись два года, Аматуни получил диплом и назначение в Армению. В Ереване с мая 1928 года по декабрь 1930-го он руководил агитпропом ЦК, затем работал секретарем окружкома, а потом — Ереванского горкома партии. Берия заметил исполнительного чиновника и «выдвинул» его на пост второго секретаря ЦК КП(б) Армении.
Не менее успешно карьера Аматуни складывалась и в годы коллективизации. С начала 1931 года он — управляющий конторой «Союзмясо» Закавказья, с января 1932-го — заворготделом, а затем — секретарь Заккрайкома. Правда, в 1934-м он лишь начальник политсектора, но в январе 1935 года — первый секретарь Закавказского крайкома. Берия рекомендовал его на пост второго секретаря Бакинского комитета КП(б) Азербайджана. Бросается в глаза, что, подымаясь на новый этаж иерархии партийной власти, первой ступенью каждого нового пролета карьерной лестницы для Аматуни становится должность, связанная с идеологической пропагандой. Фактически с умением выражать «правильные» мысли, отвечающие желанию руководства, и до определенного момента это будет способствовать его карьере.
