Большое влияние на семинаристов оказывал их духовник. Он вместе с ними молился и соблюдал реколлекции, читал им проповеди и принимал исповеди. Духовник был единственным начальником, перед которым семинаристы не гнули спину, не корчили набожных мин и при встрече с ним не смущались и не терялись, потому что он не преподавал никаких предметов, не участвовал в заседаниях и ничем не мог повредить репутации и будущности семинаристов — его связывала тайна исповеди. За время пребывания Людаса Васариса в семинарии духовники менялись довольно часто, и никто не понимал, почему. Впрочем семинаристы и в этом видели следствие национальной борьбы, потому что в духовники обычно подбирали литовца, который мог бы исповедывать всех семинаристов. По прошествии многих лет Васарис с некоторым умилением вспоминал этих духовников. Все они были такими добрыми, милыми, сердечными людьми по сравнению с остальным напыщенным и грубым начальством! Кроме того, они были несколько наивны и не от мира сего, говорили монотонным голосом, и это усыпляюще действовало на медитациях. Почему-то ни у кого из них не было музыкального слуха, что доставляло немало затруднений органисту и хору во время песнопений.
Ксендзы-профессора не вмешивались в распорядок жизни семинаристов; они жили отдельно, и семинаристы мало знали об их жизни, а если подмечали кое-какие человеческие слабости, то не слишком возмущались и прощали их.
Но было у семинаристов и начальство из их же среды. Самого благонадежного слушателя последнего курса назначали деканом семинарии. Ему вменялось в обязанность наблюдать и регулировать семинарский быт. Он назначал, кому с кем и в какой комнате поселиться. Такие назначения — «транслокации» — производились дважды в год, при этом возникало много осложнений, так как они имели большое значение в жизни семинаристов. Понятно, что должность декана оспаривали и литовцы и поляки. Помимо прочих дел, декан ежевечерне должен был давать ректору отчет обо всем, случившемся за день.
Большую роль играл и церемониймейстер. На нем лежали заботы о всех торжествах, будь то в соборе или в семинарской часовне. Обычно в праздничных богослужениях участвовали диаконы, иподиаконы, церемониймейстер, туриферарий (кадильщик) и двое служек, которые шли впереди и несли по свече в большом подсвечнике. Эти свеченосцы всегда были из первокурсников. С непривычки им приходилось помучиться, пока они не усваивали, как надо обращаться со свечами: когда и какой рукой придержать свечу, когда опуститься на колено, когда поклониться и кому в какую сторону идти. Если священнодействовал епископ, то число сослужащих и прислуживающих было очень велико, а церемониал весьма сложен. Случалось, что ошибшегося прелат-официал тут же, с капитульского места, обзывал ослом либо лошадью. Бывали такие несчастливцы, которые никак не могли постичь этой премудрости, за что им доставалось и от товарищей и от начальства.
