В 1476 году князь угличский Андрей Васильевич, хорошо знавший родителей преподобного Паисия, обратился с просьбой к Калязинскому игумену — отпустить инока Паисия из обители для того, чтобы под его руководством основать новый монастырь. Преподобный Макарий с радостью откликнулся на богоугодное желание князя и, благословив своего племянника и воспитанника, направил его в Углич. Князь даровал для будущего монастыря землю на левом берегу Волги, в трех верстах от Углича. Поселившись там в хижине, преподобный Паисий приступил к сооружению деревянного храма в честь Богоявления Господня. Вскоре к нему собрались десять монашествующих собратий, которые обосновались в построенных преподобным Паисием келлиях.
Архиепископ Ростовский Тихон, в епархию которого входил Углич, рукоположил преподобного Паисия в сан иеромонаха. После этого князь настойчиво просил преподобного принять игуменство. Уступив его просьбам, преподобный Паисий возглавил новоустроенный монастырь, где ввел строгий общежительный устав.
Благочестивый князь угличский Андрей Васильевич с большим уважением относился к преподобному, не раз он содействовал укреплению обители и делал щедрые вклады для ее дальнейшего благоустройства. Так, в благодарность Господу за рождение двух сыновей, Димитрия и Иоанна, восприемником которых стал преподобный Паисий, князь передал пожертвования на строительство в монастыре каменного храма. В 1479 году началось возведение нового храма. В 1482 году, после завершения работ, построенный храм был освящен в честь праздника Покрова Пресвятой Богородицы, поэтому монастырь стал называться Покровским.
В скором времени по сооружении соборной церкви восстал на князя угличского Андрея Васильевича родной его брат великий князь Иоанн Московский и, согнав с престола, заключил вместе с детьми его в темницу, где и скончался в 1493 году. Не малодушествовал преподобный Паисий, не изменил своему князю, но с честью похоронил его в соборе угличском. Когда же, по смерти родителя, сыновья его Иоанн и Димитрий были заточены в вологодской темнице, много скорбел о такой неправде святой старец, и, хотя не мог одолеть насилия великокняжеского, но неоднократно обличал Иоанна, умоляя его многими посланиями отложить гнев. Видя неуспешность своих прошений, вручил он все сие дело суду Божию, а сам не переставал молиться в тиши своей обители о них и посылал им в вологодскую темницу все нужное. Он заботился даже о том, чтобы и после его преставления не оскудевала милостыня заточенным князьям. Преподобный частым писанием поддерживал дух благородных узников, обещая им страдальческие венцы и нескончаемые блага за маловременные страдания. Таким образом созрел духовный плод сей в темнице и, как достойный ученик старца Паисия, князь Иоанн, в схиме Игнатий, был сам причтен к лику святых.
