С 1391 года преподобный Мефодий стал игуменом своего монастыря. Поселившиеся здесь иноки вели трудолюбивый образ жизни, сами себе добывая пропитание и исполняя все нужные для обители работы, так что эта обитель по преимуществу была обителью трудолюбия. Только частые посты и молитвы разнообразили жизнь пешношских иноков. Сам игумен подавал братии пример во всем и был между ними первым по подвигам труда, молитвы и поста и через это самое воспитывал многих благочестивых иноков. Но, строгий по отношению к себе, прп. Мефодий был нетребователен и милостив к братии, снисходя к их немощам и предостерегая от ошибок в будущем.
По временам преподобный, как любитель безмолвия, удалялся за две версты от обители и здесь уединенно подвизался в молитве. Сюда же приходил к нему для духовных бесед преподобный Сергий. Потому эта местность названа была «Беседа». Преподобный Мефодий был погребен († 1392 г.) в основанной им обители. В день преставления его, как видно из составленной в честь его службы, собралось множество народа — старцев, сирот и вдов — оплакивать кончину своего питателя.
По рукописным святцам, «преподобный Мефодий, игумен Пешношской обители, ученик святого Сергия чудотворца, преставися в лето 6900 (1392), месяца июня в 14 день». Прп. Мефодия ублажали на Пешноши как святого со дня его кончины и память его праздновали в обители и в окрестных селениях июня 14-го дня. По другим источникам, преподобный Мефодий преставился месяца июня в 4-й день 1392 года, а память празднуется в один день с памятью свт. Мефодия, патриарха Константинопольского, 14/27 июня. К лику святых прп. Мефодий причислен на Московском Соборе 1549 года.
