Пребывание блаженного Макария в должности настоятеля Овручской обители совпало с тяжелым и страшным временем преобладания на Волыни поляков, которые старались навязать православным унию и латинство. Прп. Макарий был здесь одним из самых деятельных защитников Православия, добрым руководителем подчиненных ему братий, которые не раз думали даже оставить монастырь, часто приходили в уныние от насмешек и бесчестия со стороны униатов, нередко нападавших на Овручскую обитель и расхищавших церковное имущество. Среди таких бед и скорбей святой настоятель обители не падал духом и, ободряя братию надеждой на Промысл Божий и небесное заступничество, говорил им: «Повторяйте, повторяйте чаще слова пророка Давида: Господь просвещение мое и Спаситель мой: кого убоюся?Аще востанет на мя брань, на Него аз уповаю (Пс. 26, 1, 3). И сердце иноков наполнялось твердостью и готовностью все терпеть.
Однажды св. Макарий чудесно избавил монастырь свой от грозившего ему опустошения со стороны татар, обложивших обитель. Монастырь был в осаде; иноки не могли выйти за стены обители ни за водой, ни за хлебом. Блаженный Макарий, совершив моление в храме, решил в совете с братией выйти против врага с духовным оружием; вместе с иноками, взяв иконы и хоругви, выступил он за монастырские стены. Торжественный ход устрашил врагов. Татарам показалось, что идет множество народа, и они обратились в бегство, не успев даже подобрать своих больных.
Но не оставили в покое обитель исконные враги ее — латиняне. Спустя некоторое время после татарского нападения, латиняне вместе с униатами пришли толпой в Овручский монастырь и приглашали прп. Макария на обращение к унии или же на спор с ними о вере. Святой отверг их предложение, говоря: «Какое общение возможно для нас с вами? Вы оставили правила Вселенских Соборов, приняли предания лжи и вместо того, чтобы быть под Главою Христом Господом, преклонились пред властителем земным».
На возражения противников, что у них вера та же христианская, святой подвижник отвечал: «Покажите мне веру вашу в делах своих. Христианские дела ваши, когда убиваете вы людей, истребляете заведения, воспитывающие христианское благочестие? О! Воздаст вам Господь судом Своим за дела ваши».
После этого взбешенные поляки, подстрекаемые иезуитами, воспользовавшись новым нашествием татар на Полесье, напали на Овручскую обитель, разорили ее, рассеяли иноков и заставили самого Макария удалиться из Овруча. Преподобный прибыл в Киево–Печерскую лавру. Это было в 1671 г.
