Дюбуа, не откладывая дела в долгий ящик, сел за стол и написал два письма. В первом он поблагодарил В. Д. ван Ритшотена за чрезвычайно взволновавшие его сведения и выразил надежду, что рано или поздно ему посчастливится побывать на Яве, познакомиться с первооткрывателем ископаемого человека Малайского архипелага, осмотреть череп из Тулунгагунга и место его открытия. Второе письмо было адресовано администрации Рудного Бюро Батавии. Дюбуа кратко описал в нем результаты своих последних работ в пещерах и, посетовав на не очень значительные научные итоги, обратился с просьбой разрешить ему отправиться «на поиски костей ископаемых позвоночных животных» и, разумеется, останков «недостающего звена» на Яву. Свое желание переменить место исследований он мотивировал надеждами на более обильные сборы костных останков в долинах яванских рек и в заключение обратил внимание Рудного Бюро на открытие В. Д. ван Ритшотена.
Дюбуа не ожидал быстрого ответа на просьбу, и действительно прошло несколько месяцев, а Рудное Бюро Батавии хранило молчание. В ноябре 1889 г. исполнилось ровно два года со времени прибытия Дюбуа на Суматру, но, когда он начинал думать о том, чего ему удалось достичь, у него портилось настроение: в ящиках с находками лежали все те же зубы орангутанга, да еще незначительное число маловыразительных обломков костей слонов и носорогов. Он использовал каждый перерыв между сезонами тропических ливней, однако раскопки пещер в окрестностях Паданга, несмотря на поистине фанатическое упорство Дюбуа, так и не принесли желанных результатов. Наступил 1890 год, а затем прошло еще три месяца — никаких изменений! В такой ситуации мог впасть в отчаяние даже самый упрямый и беспредельно преданный делу человек.
Поэтому как нельзя более кстати подоспело письмо из Батавии. 14 апреля 1890 г. ему вручили официальное разрешение Рудного Бюро продолжить исследования на Яве. Это был выход из тупика, в котором оказался «упрямец из Амстердама». Он незамедлительно поспешил им воспользоваться. Окончательно освободившись от обязанностей в военном госпитале Паданга, Дюбуа покинул Суматру и с легким сердцем отправился на Яву.
На Яве Дюбуа первым делом купил череп, найденный в Вадьяке В. Д. ван Ритшотеном, реставрировал его, обработал и подклеил раздавленные части. Череп, вне всякого сомнения, принадлежал ископаемому человеку, и это не могло не радовать; кости полностью потеряли органическую субстанцию, «окаменели», или, как говорят в таких случаях палеонтологи, минерализовались, фоссилизовались. Несмотря на массивность костей черепа и некоторые примитивные детали его строения, он, бесспорно, принадлежал человеку современного типа — Homo sapiens («человеку разумному»). Достаточно сказать, что объем мозга, заключавшегося когда-то в черепной коробке из Вадьяка, превышал средний объем мозга современного человека на 200 кубических сантиметров. Поэтому ни о каком открытии в Тулунгагунге черепа «недостающего звена» не могло быть и речи.
