Первые дни войны вскрыли и несовершенство организационной структуры в ряде звеньев штаба ВВС Советской Армии. Для круглосуточной работы не хватало офицеров штаба ВВС. Практически к этому времени некоторые отделы еще только формировались.
Работа в штабе ВВС была исключительно напряженной. Объем работы всех отделов штаба ВВС по сравнению с объемом в мирных условиях увеличился в несколько раз. В первом отделе штаба потребовалось иметь на каждое действующее направление для двухсменной работы не менее трех-четырех офицеров, а таких направлений, где развернулись боевые действия, образовалось пять: северное, северо-западное, западное, юго-западное и южное. Кроме того, надо было иметь двух постоянных офицеров для ведения учета численности боевого состава всех Военно-Воздушных Сил, двух офицеров для подготовки боевых донесений и оперативных сводок, представляемых 3 раза в сутки в Генеральный штаб, двух офицеров для ведения карт общей наземной и воздушной обстановки и несколько офицеров для ведения оперативных документов по ВВС всех остальных приграничных и внутренних военных округов. На третий день войны к временному исполнению должности начальника штаба ВВС приступил вновь назначенный на должность заместителя начальника штаба ВВС полковник И. Н. Рухле. Заместителями начальника штаба были назначены новые офицеры - полковник Н. И. Кроленко, прибывший из штаба авиационного корпуса дальнебомбардировочной авиации, полковник Б. А. Агеев - из военной академии. На усиление ведущих отделов штаба прибыли новые офицеры, в том числе из профессорско-преподавательского состава военной академии командного и штурманского состава ВВС во главе с полковником М. В. Щербаковым. Ведущим отделом штаба ВВС стали посменно руководить полковники В. В. Стороженко и М. В. Щербаков. Эти замены и перемещения в первые дни войны отрицательно сказались на ритмичности работы штаба ВВС, так как вновь прибывшие офицеры совершенно не были знакомы с положением войск, их дислокацией, обстановкой на фронте.
В июле - августе были проведены организационные мероприятия в соединениях и частях ВВС. Они были связаны с тем, что наши авиационные соединения, корпуса, многополковые дивизии и авиационные полки, состоявшие из 60 самолетов, оказались тяжеловесными, громоздкими, затруднявшими ведение маневренных боев, что громоздкость этих соединений мешала рассредоточению самолетов на аэродромах и облегчала противнику их уничтожение на земле. Опыт боевых действий ВВС за первые недели войны показал, что авиаполки в 30 самолетов и дивизии в два авиационных полка без корпусных соединений являлись наилучшей формой организации как в смысле легкости управления, так и в смысле маневрирования при нападении противника. Поэтому ставкой ВГК было принято решение постепенно перейти к организации авиационных полков в составе 32 самолетов и авиационных дивизий двухполкового состава.
