Создание обсерватории преследовало несколько целей, среди которых собственно обнаружение ракет оказалось, как ни странно, на втором месте. В большей степени её создателей интересовал вообще весь комплекс проблем, которые могут возникнуть при таких наблюдениях. В частности, важно было научиться не путать ракеты с естественными ИК-источниками. Поэтому значительное время было отдано наблюдениям инфракрасного излучения "посторонних" близких и далёких объектов, на фоне которых предстояло отлавливать ракеты. На обсерватории было установлено несколько приёмников излучения, в том числе видимого и ультрафиолетового диапазонов, но основным её инструментом стал инфракрасный телескоп SPIRIT-III с тридцатипятисантиметровым зеркалом, предназначенный для наблюдений в интервале длин волн от 6 до 26 микрон.
Инфракрасное небо к тому времени уже перестало быть абсолютной тайной: его первое картирование было проведено ещё в 1983 году при помощи гражданского телескопа IRAS, созданного совместными усилиями США, Великобритании и Нидерландов. Одним из итогов работы IRAS стал каталог точечных источников ИК-излучения, включающий в себя несколько сотен тысяч объектов. Однако военным целям этот каталог не соответствовал. Низкое угловое разрешение IRAS привело к тому, что многие источники (протозвёзды, далёкие галактики), с которыми можно было бы спутать баллистическую ракету, он просто не увидел.
Телескоп SPIRIT-III, в силу своего специфического предназначения, обладал более высокой чувствительностью, поскольку тело ракеты в ИК-диапазоне светит неярко, и более высоким угловым разрешением, позволявшим разделить собственно боеголовку и сбрасываемые с неё ложные цели. Эти характеристики, несмотря на военную мотивацию, делали MSX весьма привлекательным астрономическим инструментом. К чести военных будет сказано, что они с самого начала осознавали это и согласились передать результаты работы MSX в общее пользование. Так военный телескоп стал поставщиком астрофизических данных для всего мирового научного сообщества.
Обсерватория была запущена в космос 24 апреля 1996 года. Поскольку время работы SPIRIT-III было ограничено запасами охладителя, он пронаблюдал всего около 10 процентов неба, но это тоже был очень важный вклад, поскольку картировались в первую очередь либо участки, совсем не наблюдавшиеся на IRAS, либо наблюдавшиеся с недостаточным разрешением. В их число вошла зона в несколько градусов от плоскости Млечного Пути, а также избранные площадки вокруг внутригалактических областей звёздообразования и нескольких близких галактик (например, Туманности Андромеды). Помимо этого наблюдались (главным образом, в качестве побочного продукта) астероиды и кометы, в том числе удачно попавшие на время работы аппарата известные кометы конца XX века — Хиакутаке и Хейла-Боппа.
