Среди вопивших, что Никон — недостойный патриарх, не было голоса Стефана Вонифатьевича, молчал царский дворец. Алексей Михайлович жалел своих друзей, но против Никона не пошел. Патриарх содрал с Иоанна Неронова скуфью и, лишив священства, заточил в Спасо-Каменном монастыре. Лишил он священства и Логгина, который при расстрижении Никону в глаза наплевал, а когда содрали с него однорядку и кафтан, он и рубаху патриарху бросил. Даниила Никон расстриг и сослал в Астрахань, а Аввакума с женой и малыми детьми отправил в Сибирь.
Теперь руки Никона были свободны и его не трогали вопли, долетавшие до Москвы из каменных мешков и сибирских далей. Напрасно писали ревнители благочестия Стефану Вонифатьевичу, царю, царице и придворным, что они, как новые мученики, гонимы и томимы за проповедь христианского закона и учения, за желание спасти православные души. Напрасно обличали реформы Никона и грозили небесными карами за отступление Русской церкви от благочестия. Царь запретил подавать себе такие челобитные, его духовник Стефан призвал слушать патриарха без рассуждений и не прекословить ему ни в чем, ибо сам царь положил свою душу и всю Россию на патриархову душу.
Писания староверов, как искры, рассыпались по стране, но сильного возмущения народа не произошло. Ликвидировав соперников по влиянию на царя, Никон отнимать двуперстие у народа не спешил, приступил к делу не торопясь, давая людям привыкнуть к переменам. На соборе русских иерархов в 1654 г. он объявил, что ряд богослужебных обрядов не согласуются с древними русскими и греческими книгами. Никон упомянул время совершения праздничного богослужения, некоторые молитвы, обычаи оставлять царские врата открытыми при литургии, не полагать мощи под престолом при освящении храма и класть антиминс под покровом при евхаристии, употреблять земные поклоны вместо малых в четыредесятницу, разрешать второженцам и троеженцам петь и читать на амвоне.
Предложенные изменения были невелики, но они показывали, что в русской церковной практике есть "новоизобретенные" чины и обряды, уклонения от истинного благочестия. Недаром Никон собрал на собор лишь зависимых от него церковных иерархов, не случайно строил свои вопросы к собору хитроумно: "И о сем прошу решения — новым ли нашим печатным служебникам последовати или греческим и нашим старым, которые купно обои един чин и устав показуют?" Во избежание разномыслия патриарх просил первым ответить на его вопросы царя Алексея Михайловича. Епископ Павел Коломенский осмелился выступить против мнения царя, ссылаясь на старые рукописи. Никон его бросил в темницу, жег огнем — и наступила тишина и единение в соборе освященном.
