Близ Новгорода поставили стражу, слугам митрополита опасно было ходить по городу, он отсиживался на Софийском дворе, но не прекращал борьбы с восстанием. Никон нашел человека, способного тайно доставить в Москву его послание, вступил в переговоры с богатыми и влиятельными новгородцами, убеждая ради спасения города склонить народ повиниться перед государем. От Алексея Михайловича Никону были тайно доставлены две грамоты. Одна содержала похвалы его действиям, другая предназначалась для объявления народу перед земской избой. Она гласила, что новгородцы должны просить у митрополита прощения своим великим согрешениям. Если митрополит простит, то и великого государя будет милость, иначе все будут смерти преданы.
Наступающая на город армия князя Ивана Хованского заставила восставших прислушаться к обещанию Никона в случае покаяния добиться у государя прощения участникам волнений. Церемония покаяния была обставлена пышно. Новгородцы в Софийском соборе со слезами просили Никона о заступничестве. После трехчасового поучения митрополит отпустил им грехи и освободил от проклятия. Новгород успокоился, хотя митрополит не думал о всепрощении. По его указаниям до подхода карательной армии без шума были схвачены и заточены триста человек. Хованский вступил в город и сообщил Никону, что решение о наказаниях возмутителей возложено на митрополита. Духовный отец Новгорода одного велел обезглавить, Ивана Жиглова с десятком "главных завотчиков" сечь кнутом и сослать в Сибирь, остальных бить батогами и разбросать по тюрьмам, а некоторых освободить.
После восстаний в столице и других городах в 1648 — 1649 гг. искры недовольства тлели повсеместно, в соседнем Пскове пылал настоящий пожар. Купцы, продававшие хлеб за границу и взвинтившие цены, были перебиты, как государственные изменники, воевода брошен в темницу. Славленый полководец князь Федор Федорович Волконский-Меринов взялся подавить восстание силой убеждения, вошел в город без войска и с проломленной головой сидел в застенке вместе с архиепископом. Слух о жестоком подавлении восстания в Новгороде мог помешать усмирению псковичей, они способны были расправиться с арестованными.
По совету Никона командующий карательной армией Хованский посылал для переговоров множество дворян и горожан. Никон писал новоизбранному совету Пскова и всем гражданам, обещая в случае раскаяния выступить их заступником перед царем. "Передайте своему митрополиту, — заявили псковичи, — что его мы отписок не слушаем. Будет с него и того, что Новгород обманул, а мы не новгородцы, повинных нам государю слать незачем и вины над собой никакой не ведаем!" "Хотя бы и большая сила ко Пскову пришла, — заявили они, — так не сдадимся!" Первыми атаковав царские войска, горожане отбросили их от стен и день за днем ходили на вылазки. Никону раньше, чем в столице, стало известно о поддержке псковичей крестьянами, отряды которых практически окружили войско Хованского под городом, как и о переходах солдат на сторону восставших. Послания Новгородского митрополита помогли остудить слишком горячие головы в Боярской думе. На переговоры с восставшими был отправлен епископ Коломенский Рафаил с большой свитой духовенства.
