На допросе в 1954 году Серебрянский показал, что еще до суда, т. е. на предварительном следствии, он отказывался от показаний, в которых признавал себя виновным и оговаривал других.
В результате 4 октября 1940 года следователем СЧ (Следственная часть) ГУГБ НКВД лейтенантом ГБ Перепелицей было составлено следующее обвинительное заключение:
«ОБВИНИТЕЛЬНОЕ ЗАКЛЮЧЕНИЕ
10 ноября 1938 г. органами НКВД СССР был арестован подозреваемый в шпионской деятельности СЕРЕБРЯНСКИЙ Яков Исаакович.
Проведенным по делу следствием установлено, что СЕРЕБРЯНСКИЙ, в прошлом активный эсер, дважды арестовывался органами ОГПУ и при содействии разоблаченных врагов народа проник в органы советской разведки.
В 1924 г., будучи в Палестине, был завербован эмигрантом ПОКРОВСКИМ для шпионской деятельности в пользу Англии.
В 1927 г. СЕРЕБРЯНСКИЙ по заданию английской разведки перебросил из Палестины в СССР группу шпионов-террористов в лице ТУРЫЖНИКОВА, ВОЛКОВА, АНАНЬЕВА, ЗАХАРОВА и ЭСКЕ, которых впоследствии в лаборатории спецгруппы ГУГБ подготавливал к диверсионной и террористической деятельности на территории СССР. Через ТУРЫЖНИКОВА СЕРЕБРЯНСКИЙ передавал английской разведке шпионские сведения о политическом и экономическом положении Советского Союза.
В 1933 г. СЕРЕБРЯНСКИЙ был завербован разоблаченным врагом народа ЯГОДОЙ в антисоветскую заговорщическую организацию, существующую в органах НКВД.
По заданию ЯГОДЫ СЕРЕБРЯНСКИЙ установил шпионскую связь с французской разведкой, которую информировал о деятельности советской разведки за кордоном, добывал сильнодействующие яды для совершения террористического акта над руководителями партии и советского правительства.
В предъявленном обвинении виновным себя признал».
Практически такое же обвинительное заключение было предъявлено и его жене.
7 июля 1941 года Военная коллегия Верховного суда СССР приговорила Я. И. Серебрянского к высшей мере наказания с конфискацией имущества, а его жену – к 10 годам лагерей «за недоносительство о враждебной деятельности мужа».
Но приговор, вынесенный «Яше», не был приведен в исполнение. Уже началась Великая Отечественная война, и разведке катастрофически не хватало опытных сотрудников. В августе 1941 года благодаря ходатайству Павла Судоплатова и вмешательству Лаврентия Берии Серебрянский решением ПВС СССР от 9 сентября 1941 года был амнистирован, освобожден из заключения с прекращением уголовного дела и снятием судимости, восстановлен в органах и партии.
