Дихотомичность мировосприятия поэта-историка воплотилась в отраженной им в романе трагической необходимости выбора между христианством (даже без связи с определенной конфессией) и общечеловеческой культурой, — таковой автору представлялась альтернатива. Каждый из романов трилогии «Христос и антихрист» обращен к тому историческому моменту, когда героям приходилось делать выбор между старым и новым — в религии, государственном устройстве, культуре в целом. Подобно тому, как в душе лирика, обратившегося к истории, оказалось возможным соединение таких устремлений, как христианство и общечеловеческие категории, так и в повествовании «Юлиана» действующие лица клянутся и Моисеем, и Христом, и Гераклом; один и тот же священный источник может прославляться как источник Диоскуров и источник Косьмы и Дамиана. У самого молодого Юлиана — два учителя: язычник Мардоний и христианский монах Евтропий. Членами одной и той же семьи могут являться сестры, исповедующие разные веры.
Противопоставлением христианской и языческой культур пропитана практически каждая сцена романа Д. С. Мережковского. Следующие один за другим эпизоды как бы представляют свои аргументы в споре старой и новой религии. Сам Юлиан воплощает в своих раздумьях колебания и сомнения эпохи. Сухой и мертвой представляется Юлиану метафизика школы неоплатоника Порфирия, а учение Ямвлиха выглядит книжной схоластикой; столь же карикатурны изображения софистов и описание Миланского собора в восприятии героев. Сам Христос в романе имеет два облика — Он грозный повелитель, Он и добрый пастырь. Путь идей Юлиана Отступника Д. С. Мережковского — от резкого неприятия Христа и страха перед Ним к финальным словам романа: «Кончено… Ты победил, Галилеянин!»; к признанию героя: «Как я любил Тебя, Пастырь Добрый, Тебя одного…». Путь от язычества к христианству тем самым становится дорогой от ненависти к любви.
Таким образом, вместо проблемы выбора между традиционной и новой верой автор выдвигает на первый план проблему синтеза культур. В словах, обращенных в романе к Юлиану с призывом соединить истину Титана с истиной Галилеянина с тем, чтобы стать величайшим из всех, рожденных женщиной, словно заключается кредо подобного синтеза. Но этот синтез возможен лишь в душе художника, писателя. В истории же чаще господствуют антиномии.
После публикации романа Д. С. Мережковский подвергся не слишком уничтожительной, но все-таки определенной критике в отношении погрешностей и несоответствий в области историзма со стороны чуть более младшего современника, тоже выдающегося поэта Серебряного века Валерия Яковлевича Брюсова (1873–1924), который был также не менее известным романистом, публицистом и теоретиком литературы.
