Сам Алексей Петрович не удовлетворялся знанием абитуриентом семинарского учебника, а требовал от него знакомства с более широкой литературой.
Профессор Лебедев был одним из самых любимых преподавателей Академии. Аудитория № 2, где он читал свои лекции, никогда не страдала обилием свободных мест. Одной из причин такой популярности было умение Алексея Петровича излагать серьезную науку в живой и интересной форме. Яркий портрет А. П. Лебедева как лектора мы находим у его ученика, будущего известного профессора Н. Глубоковского: «Грузная фигура лектора, ходившего мелкими, неуверенными шажками, нахмуренное подслеповатое лицо, резкий голос, с круглыми, негармоничными переходами от пронзительных верхов к глухим низам, манера читать по тетрадке — все это не было привлекательным. А сам профессор по внутренней застенчивости не умел увлечь аудиторию, да и не стремился к этому. Чтение было чуждо риторских украс и иногда довольно тягуче. Привлекало студентов умение глубоко захватить слушателей своим предметом. Аудитория всегда видела перед собой живую историю, раскрывавшую устами Алексея Петровича тайны своего бытия».[53] Студенты тянулись к профессору и как к научному руководителю, и хотя он был очень требовательным к кандидатским сочинениям, но всегда со вниманием и должным почтением изучал их. Таким образом, между учителем и учеником возникала та самая гармоничная взаимосвязь, которая послужила основой для дальнейшего процветания церковно-исторической науки в стенах Академии. То же самое в дальнейшем произошло и в Университете, после перехода туда А. П. Лебедева.
Итак, имя профессора А. П. Лебедева, бесспорно, значительно в русской церковно-исторической науке и в отечественном византиноведении. Его труды нуждаются в новом издании, дабы тот мощный пласт церковно-исторической мысли, который по известным причинам был забыт, вдохновил новых исследователей заниматься изучением истории церкви, которую так любил Алексей Петрович. В самом конце хотелось бы привести слова А. А. Спасского, ученика профессора, занявшего, после ухода А. П. Лебедева в Университет в 1895 г., кафедру истории древней церкви в МДА, сказанные им на похоронах ученого: «Знамя науки ты всегда держал высоко и не склонялся ни перед какими идолами. В своих лекциях ты не поднимался ни в заоблачные высоты философии, и не спускался в глубины мистицизма: ты предлагал лишь реальные факты, историческую истину в чистом ее виде».
