Иван Андреевич дорожил фамильной честью. Летом 1557 г. государь по случаю похода на татар послал его с царской речью и царским наказом к князю Владимиру Андреевичу Старицкому и к главному воеводе Ивану Бельскому, происходившему из рода великих князей литовских. Однако Шуйские вовсе не собирались уступать первенство литовской знати. Иван Андреевич заявил, что ему непригоже ехать к Бельскому с наказом: это приведет к «потерьке» родовой чести. Грозный велел дворянину Караулову насильно отвести князя Ивана к главному воеводе Бельскому, а последнего уведомил, что наложил опалу на Шуйского.
Год спустя Иван Шуйский получил пост воеводы в захолустном городке Дедилове. В 1559 г. Иван сопровождал царя как старший оруженосец (рында). Через год он числился головой (полковником) в государевом полку, а в 1562 г. участвовал в свите монарха в походе на Полоцк. Дальнейшее продвижение по службе относится к 1564 г., когда князь Иван стал воеводой небольшой крепости Великие Луки.
В 1560 г. самодержец подверг опале своих учителей Адашева и Сильвестра. Отставка главного проводника реформ Адашева положила начало длительному кризису. Иван IV фактически отстранил от власти вождей думы. Высшая знать стала подумывать о том, чтобы заменить Ивана на троне более сговорчивым лицом. Вдова Андрея Старицкого Ефросинья пыталась использовать недовольство бояр и посадить на престол своего сына Владимира, двоюродного брата Ивана IV. В 1563 г. самодержец велел арестовать брата и отнял у него удельное княжество. Вскоре он стал править старые летописи. Основное внимание царь уделил боярскому «мятежу» в пользу князей Старицких в 1553 г., когда он смертельно занемог. Шуйские издавна враждовали со Старицкими и не могли быть участниками заговора. Тем не менее Иван IV пополнил летопись сведениями, компрометировавшими Шуйских как участников мятежа в пользу Владимира Старицкого.
Своим острием летописные обличения царя были направлены как против Шуйских, так и против князей Ростовских, Ярославских и Стародубских. Под диктовку царя дьяки внесли в летопись сведения о том, что в 1538 г. бояре Шуйские уморили конюшего князя Ивана Овчину, отправили в ссылку боярина Михаила Тучкова, устроили заговор и совершили военный переворот в 1542 г. Иван IV счел необходимым записать на полях летописи подробности, относившиеся к боярскому заговору 1543 г., зачинщиками которого были, помимо боярина Андрея Михайловича Шуйского, его брат Иван Михайлович и Федор Скопин-Шуйский. В списке бояр, взбунтовавших Москву в 1547 г., государь первым назвал Федора Скопина-Шуйского.
