В пору реформ князья Суздальские не пользовались исключительной властью, но их позиции в думе были на редкость прочными.
Законные опекуны братья Шуйские сошли со сцены, уступив место крамольным Шуйским. Брат казненного князя Андрея Михаил стал главой Боярской думы. Он занял первую строку в думном списке Дворовой тетради 1552 г. (будущий царь Василий доводился Михаилу внучатым племянником). Ниже князя Ивана в списке членов думы был записан удельный князь Иван Федорович Мстиславский.
Возвышение бояр Романовых-Захарьиных, родни царицы Анастасии, и династический кризис 1553 г. осложнили карьеру Ивана Михайловича Шуйского. 22-летний государь тяжко занемог. Его кончины ждали со дня на день. Захарьины спешили с принятием присяги младенцу — наследнику царевичу Дмитрию. Проведение церемонии присяги они поручили своим сторонникам — князю Владимиру Воротынскому и дьяку Висковатому. Церемония была омрачена с первых минут. Старший боярин думы Иван Михайлович Шуйский заявил формальный протест: «Им (боярам) не перед царем целовати крест (приносить присягу) не мочно: перед кем им целовати, коли государя тут нет?» Подлинный смысл протеста заключался в следующем. Руководить присягой мог либо сам государь (но он был при смерти), либо старший боярин думы (Шуйский). Вместо этого дел о было поручено Воротынскому. Бояре не скрывали своего раздражения. Подойдя к кресту, князь Иван Пронский попрекнул Воротынского отцом, которого умертвили в тюрьме за измену. Правя старые летописи, Иван IV постарался изобразить князя Ивана Михайловича Шуйского старым изменником, зачинщиком «мятежа» в Боярской думе.
По случаю готовившегося похода Ивана IV на татар князь Михаил Шуйский в 1559 г. возглавил московскую «седьмочисленную» боярскую комиссию, которая должна была управлять царствующим градом в отсутствие монарха.
После смерти Михаила Шуйского первенство в думе перешло к удельным князьям Бельскому и Мстиславскому — аристократам литовского происхождения.
В середине XVI в. Россия вела длительную и кровавую войну с Казанским ханством. С весны 1552 г. русская армия стала готовиться к решающему наступлению на Казань. Передовые силы русских войск заблаговременно сосредоточились в Свияжске. Ими командовал князь Александр Горбатый. Внезапное вторжение Крымской орды едва не расстроило планы военного командования. Крымцы появились под Тулой, в непосредственной близости от Москвы, но были разгромлены.
