Прошло несколько лет после окончания Ливонской войны, а последствия войны и разрухи не были преодолены. В 1587–1589 гг. на страну обрушились новые стихийные бедствия. Неблагоприятные погодные условия погубили урожай. Цены на хлеб взлетели в Москве и Новгороде, Владимире и Холмогорах. Крестьяне искали спасения на плодородном Юге.
Писцы и дозорщики доносили о многочисленных случаях дворянского «оскудения». Разорившиеся служилые люди и члены их семей бросали пустые поместья, шли в кабалу к боярам, изредка садились на крестьянскую пашню, чаще питались подаянием. Недовольство низшего дворянства породило глубокий политический кризис.
В связи с голодом 1588 г. осложнилось положение в столице. Толпы нищих и бродяг заполнили городские улицы. Народ винил в своих бедах Бориса Годунова, олицетворявшего неправедную власть. Его бранили и втихомолку, и открыто. Англичанин Флетчер видел в 1588–1589 гг., как московская толпа жадно внимала пророчествам юродивого, поносившего Бориса. «В настоящее время, — записал он, — есть один в Москве, который ходит голый по улицам и восстановляет всех против правительства, особенно же Годуновых, которых почитают притеснителями всего государства». К 1589 г. голод в стране кончился, но положение в Москве оставалось тревожным. С наступлением весны правительство, опасаясь уличных беспорядков, отдало приказ о размещении в городе усиленных военных отрядов.
Круг сторонников Бориса сузился. Соперничество с соправителем Андреем Щелкаловым приобрело открытые формы. Опала на дьяка усугубила политическое одиночество правителя. Даже доброжелатели Бориса не питали иллюзий насчет его будущего. Австрийский посол Варкоч писал в 1589 г.: «Случись что с великим князем, против Бориса снова поднимут голову его противники… а если он и тогда захочет строить из себя господина, то вряд ли ему это удастся».
Наибольшую опасность для Годуновых таил сговор Шуйских с Нагими. Сговор мог иметь место лишь при одном непременном условии. Родня царевича Дмитрия, Нагие никогда бы не пошли на соглашение с регентом, если бы тот не признал прав царевича как законного наследника трона. Дело шло к заговору в пользу царевича Дмитрия. С точки зрения царствующей персоны подобного рода заговор означал грубое нарушение данной Федору присяги и не мог рассматриваться иначе, как государственное преступление.
Розыск о боярской измене должен был укрепить положение правителя. По свидетельству «Нового летописца», раздор с Шуйскими завершился тем, что Годунов будто бы подкупил слуг бояр Шуйских: «научи на них доводити людей их Федора Старова с товарищи и возложи на них измену».
