При дворе Федора детские «глумления» царевича вызывали недовольство и страх. Взаимные подозрения достигли предела. Угличский двор распространял повсюду слухи, будто родственники Федора, рассчитывавшие заполучить трон в случае его бездетной смерти, пытались «окормить» Дмитрия зельем. Слухи эти были записаны в 1588–1589 гг. послом Флетчером. Они оказались живучими и попали на страницы поздних русских летописей XVII в.
Московский двор не остался в долгу. Ранее 1589 г. власти разослали по всем церквам приказ, воспрещавший упоминать на богослужениях имя Дмитрия на том основании, что он зачат в шестом браке, а следовательно, является незаконнорожденным. Такой приказ, утверждал английский посол, отдал священникам сам царь вследствие происков Бориса Годунова. Церковные правила строго воспрещали православным вступать в брак более трех раз. При жизни Грозного никто не смел усомниться в законности его шестого брака. После его кончины все изменилось. Родне Дмитрия оставалось надеяться на царское завещание. Отцовское благословение само по себе утверждало взгляд на царевича как на законного наследника престола. Однако царское завещание было уничтожено.
Упрямство Федора, его отказ развестись с Ириной ставили думу в трудное положение. Главный регент Шуйский и дума обязаны были позаботиться о том, чтобы царь имел законного и принятого народом наследника. Бояре исчерпали все легальные средства и рано или поздно должны были вспомнить о младшем сыне Грозного.
Столкновение между Боярской думой и слабоумным самодержцем вызвало кризис, быть может, самый серьезный со времени опричнины. Через своих многочисленных клиентов бояре старались сформировать неблагоприятное для царской семьи общественное мнение. Никогда еще на Руси не слышно было столько непотребных толков о великом государе и царице. Клевету распространяли враги Годунова. Им надо было очернить помазанника Божьего в глазах народа, доказать, что «дурак» не может добиться повиновения даже от своих ближайших родственников и придворных. Толки о скандалах в царской семье готовили почву для переворота. Достаточно было на несколько часов изолировать юродивого царя от его окружения — Годунова и его родни, — чтобы учредить над самодержцем законную опеку.
Кризис достиг высшей точки, и власти пустили в ход репрессии. 13 октября 1586 г. митрополит Дионисий был лишен сана, пострижен в монахи и сослан в Хутынский монастырь в Новгороде. Его «собеседника» архиепископа Крутицкого Варлаама Пушкина заточили в новгородский Антониев монастырь. Опальные церковники получили возможность продолжать свои «беседы» в тиши и уединении.
