Ломоносов в это время был занят строительством фабрики цветного стекла в Усть-Рудице и озабочен множеством связанных с этим производственных и экономических проблем. Поэтому, когда летом 1754 года двор и Шувалов переехали в Москву, он тоже поехал вслед за своим меценатом и другом.
В Москве Шувалов устроил Ломоносову аудиенцию с императрицей, и ему были дарованы и село Усть-Рудица, и деньги на создание фабрики, и более двухсот крепостных для работы по производству стекла и мозаики. Здесь же обсудили вопрос о создании в Москве университета, договорившись, что казной будет ассигновано 10 тысяч рублей ежегодно на содержание университета и 3 тысячи — на ремонт предназначенного для него дома.
Вскоре после этого Ломоносов вернулся в Петербург и отправил Шувалову письмо, в котором отмечал, что «ежели Московский университет по примеру иностранных учредить намеряетесь, что весьма справедливо, то желал бы я видеть план, вами сочиненный», а затем Михаил Васильевич предложил свои соображения об учреждении университета.
Во-первых, он настаивал на том, «чтобы план Университета служил во все будущие годы; во-вторых, считал, что следует «положить в плане профессоров и студентов довольное число». Ломоносов предлагал 12 профессоров: на юридическом факультете — 3, на медицинском — 3, на философском — 6. В-третьих, он указывал, что при Университете «должна быть гимназия, без которой Университет, как пашня без семян».
Шувалов учел идеи Ломоносова, высказанные в письме. Он представил в Сенат и свой проект, зачитанный им
19 июля 1754 года. Шувалов предлагал открыть две гимназии — одну для дворян, другую для разночинцев. Сенат утвердил проект, найдя его «весьма важным и потребным для пользы всего государства». На решении Сената Елизавета написала: «Быть по сему, кураторами быть камергеру Шувалову и Лаврентию Блюментросту, директором Алексею Аргамакову». Хотя кураторов было двое, на самом же деле эти обязанности до самого конца жизни — еще сорок лет — выполнял лишь И. И. Шувалов, так как Л. Л. Блюмент-рост, лейб-медик пяти русских императоров и императриц и первый президент Академии наук, скончался через два месяца после указа об учреждении университета.
Но прежде чем Елизавета Петровна подписала этот указ, на Красной площади, на том месте, где теперь стоит Исторический музей, начались работы по перестройке здания бывшей царской аптеки — одного из самых красивых домов Москвы. К тому дню, когда Елизавета Петровна подписала указ, строительно-ремонтные работы завершены еще не были, но в основном здание было перестроено. А подписала она его 12 января 1755 года, когда Русская православная церковь праздновала день святой великомученицы Татьяны. В указе учреждение Московского университета объявлялось продолжением дела Петра Великого, считавшего, что «всякое добро происходит от просвещенного разума... и потому следует в том стараться, чтобы в пространной нашей империи всякое полезное знание возрастало». И здесь же Шувалов назывался «изобретателем того полезного дела» — основания университета. Профессор права Харьковского университета И. Ф. Тимковский, окончивший Московский университет в 1797 году, писал в «Воспоминаниях» о кураторах времен его студенчества: «Первым был основатель его в век императрицы Елисаве-ты, знаменитый представитель Муз, действительный обер-камергер Иван Иванович Шувалов... Имя его в университете с благоговением произносилось».
