Органы «Смерш» пользовались высочайшим авторитетом и уважением в войсках. Тысячи офицеров «Смерш» награждены боевыми орденами и медалями. Награждение производило командование воинских частей по своей инициативе от имени Президиума Верховного Совета СССР.
Следует отметить, что органы военной контрразведки не впервые организационно входили в состав Вооруженных сил СССР. Еще в 1941 году было принято решение о переименовании Особого отдела Главного управления госбезопасности НКВД в третье управление и о вхождении его в состав наркомата обороны. Положение о третьем управлении утвердил своим приказом нарком обороны С. К. Тимошенко.
В этом приказе излагались задачи новых подразделений, определялись формы и методы чекистской работы — все то, что раньше было особо засекречено. Приказ предполагалось объявить не только оперсоставу, но и всем офицерам Вооруженных сил вплоть до командира взвода. Теперь все офицеры узнали святая святых — о деятельности третьих отделов. Для большинства из них это было страшным откровением.
Кроме того, третьи отделы, подчиняясь по своей основной ведомственной линии, одновременно находились как бы и в подчинении общевойскового командования. Такая не совсем понятная двойственность в подчинении вызывала большие осложнения в работе третьих отделов, нередко приводила к недоразумениям. Все это не могло не сказаться отрицательно на работе третьих отделов, и непосредственно перед началом войны они в целом ослабили свою работу.
Названный приказ был серьезной ошибкой, которая долгое время отрицательно сказывалась на всей деятельности органов военной контрразведки.
С началом Великой Отечественной войны третьи отделы были упразднены и органы контрразведки вновь вернулись к Особым отделам.
Ничего подобного не было допущено при издании Постановления о создании органов «Смерш». Как было указано выше, органы «Смерш» строго подчинялись только по своей ведомственной линии, командование частей и подразделений в их оперативную работу не вмешивалось. Но это вовсе не означало, что органы «Смерш» были оторваны от командования, которое в свою очередь получало большую и разнообразную помощь от оперативников.
Таким образом, у органов «Смерш» и у командования было налажено полное взаимодействие и понимание. Не следует также забывать, что офицеры «Смерш», работая в воинских частях, жили их жизнью, разделяли все успехи личного состава, вместе переживали их недостатки, сполна делили трудности и радости.
