Некоторое время спустя главные экспедиции были преобразованы в отделения, а позже, при Николае I — в департаменты. В 1819 году был создан знаменитый Азиатский департамент, первым директором которого стал К. К. Родофиникин (1760–1838), а четыре года спустя при департаменте возникло Учебное отделение восточных языков (УОВЯ) — великолепное и высокопрофессиональное учреждение, просуществовавшее вплоть до 1917 года, в стенах которого знания по фарси, китайскому, японскому, турецкому и арабскому языкам получили многие русские дипломаты. В 1828 году был разработан и введен в действие Консульский устав, который с изменениями в 1858 и 1893 годах тоже дожил до 1917 года.
В 1828 году трём секретным экспедициям канцелярии было присвоено новое эвфемическое наименование — «Департамент внешних сношений». В 1832 году был создан Департамент внутренних сношений, преобразованный позже во 2-й департамент, а также Департамент хозяйственных и счётных дел, позже преобразованный в Департамент личного состава и хозяйственных дел (ДЛСиХД). В 1839 году было составлено первое подробное штатное расписание центрального аппарата министерства. В 1846 году, в период очередной реорганизации Министерства иностранных дел, наименование «Департамент внешних сношений» с секретных экспедиций неожиданно было снято, и их стали называть «Особой канцелярией» министерства. В ней стала сосредоточиваться вся политическая переписка МИД со своими загранучреждениями.
Структура Министерства иностранных дел продолжала совершенствоваться и приспосабливаться к потребностям времени и при А. М. Горчакове. В рескрипте Александра II от 17 апреля 1856 года о назначении А. М. Горчакова министром иностранных дел России говорилось: «…Посвятив себя дипломатическому поприщу, вы, при постепенном занятии различных должностей в посольствах и миссиях Наших при нескольких европейских дворах, вскоре приобрели необходимую в политических делах опытность, не переставая обращать на себя внимание отличным исполнением лежавших на вас обязанностей. Состоя в качестве чрезвычайного посланника и полномочного министра при Вюртембергском дворе, вы имели случай выказать особенную твёрдость в смутное время 1848 года и снискали доверие к себе блаженной памяти Родителя моего императора Николая I…
..Дипломатические способности, познания по сей части, приобретённые вами многолетним пребыванием при разных дворах Европы в качестве чрезвычайного посланника и полномочного министра Нашего, в особенности же действия ваши в продолжении Венских конференций 1855 года, решили Наш выбор назначением вас министром иностранных дел. Вы вступили в управление оным в то важное время, когда исполнение условий только что заключённого Парижского мира требовало неусыпной бдительности и предусмотрительности. Возникшие вскоре в сем отношении недоразумения могли снова омрачить едва прояснившийся политический горизонт Европы; но вы, руководимые опытностью и постигая чистосердечные желания Наши упрочить общее спокойствие, умели благоразумно отвратить последствия тех недоразумений и утвердить дружественные отношения России со всеми державами».
