Директивой командующего Северо-Кавказским фронтом и Военного совета Черноморского флота, а также приказом командующего 47-й армией, занимавшей оборону полуострова до 11 августа, перед Керченской военно-морской базой были поставлены следующие задачи:
- во взаимодействии с частями 47-й армии не допустить форсирования Керченского пролива противником и высадки им морского и воздушного десантов на побережье Таманского полуострова в границах базы;
- организовать разведку и дозорную службу в Керченском проливе у выходов в Черное и Азовское моря;
- уничтожать плавучие и переправочные средства противника и его дозорные корабли;
- ставить оборонительные и активные минные заграждения.
Оборона Керченской военно-морской базы с суши из-за недостатка в силах опиралась на узлы сопротивления, созданные в районе Тамани, береговых и зенитных батарей и в некоторых населенных пунктах. Береговая линия, не входившая в зоны узлов сопротивления, просматривалась дозорами и наблюдательными постами. В местах вероятной высадки морского десанта противника и на подходах к оборонительным рубежам были поставлены противопехотные и противотанковые мины. Кроме того, на отдельных участках оборонительных батальонных районов устанавливалось проволочное заграждение в один - два кола. Однако эти районы были слабо насыщены боевой техникой, плохо оборудованы в инженерном отношении, а самое главное - не были в должной мере укомплектованы личным составом (особенно после отхода частей 47-й армии).
Организация обороны базы с моря обеспечивалась воздушной и морской разведкой, дозорной службой, постановкой активных и оборонительных минных заграждений , в том числе противотанковых минных заграждений на берегу у уреза воды, непрерывной готовностью береговой и зенитной артиллерии базы к отражению противника.
Противовоздушная оборона базы осуществлялась 65-м зенитно-артиллерийским полком и корабельной артиллерией. Кроме того, на 65-й зенитно-артиллерийский полк возлагалась задача бороться с воздушным и морским десантом, с кораблями противника и его сухопутными силами в случае их появления в районе базы.
Таким образом, сил, которыми располагала Керченская военно-морская база, было недостаточно для обороны ее с суши, моря и воздуха в условиях сложившейся обстановки. В самом деле, для защиты от врага 180-км морского побережья и 240-км сухопутной линии база имела всего лишь слабую охрану водного района, два батальона и несколько отрядов морской пехоты, береговую и зенитную артиллерию, насчитывавшую 55 орудий. Снабжение всех этих частей и подразделений было крайне затруднено, так как подходы к базе и места якорных стоянок находились под артиллерийским обстрелом противника, а единственный путь в Черное море - промоина косы Тузлы - из-за своей мелководности (глубина менее 2,5 метров) не позволяла проход в базу крупных кораблей и транспортов. Все это отрицательно сказывалось на ходе боевых действий на Таманском полуострове.
