В целях лучшей организации противодесантной обороны весь участок побережья Азовского моря был разделен на четыре района, каждый из которых включал в себя отдельные узлы сопротивления. Инженерная оборона последних состояла из трех линий дотов, дзотов для артиллерии, минометов и пулеметов, окопов, траншей, проволочных заграждений, противопехотных и противотанковых мин и других сооружений. В июле - августе в районе Ейска, косы Долгая, Приморско-Ахтарская и Темрюка было выставлено 725 мин. Все минные заграждения прикрывались береговой артиллерией.
Первоначально противодесантную оборону побережья несли части береговой обороны Азовской военной флотилии во взаимодействии с войсками 47-й армии. Но в связи с наступлением противника на ростовском, а затем краснодарском направлениях 47-я армия была переброшена с азовского побережья на Кубань, куда прорвались немецко-фашистские войска. Защита побережья стала задачей исключительно Азовской военной флотилии.
Командование Азовской военной флотилии уделяло большое внимание ведению разведки в интересах противодесантной обороны побережья. Воздушная разведка, для ведения которой привлекались самолеты 87-й и 9-й авиаэскадрилий военно-воздушных сил Черноморского флота, систематически утром, днем и вечером просматривала весь северо-западный берег Азовского моря. Кроме того, она обследовала отдельные районы для уточнения данных наблюдения кораблей дозора и постов СНиС. Всего на воздушную разведку в течение июля и августа было совершено около 600 самолето-вылетов. Разведка побережья, занятого противником, проводилась мелкими разведывательными группами морских пехотинцев, высаживаемыми с кораблей. Таких групп в июле - августе было высажено около тридцати (от 20 до 200 человек в группе). В систему разведки были включены также посты СНиС и ВНОС, развернутые на побережье Азовского моря. В результате всех этих мероприятий штаб флотилии располагал полными сведениями о количестве плавсредств противника в портах Азовского моря, об их состоянии и степени готовности, о режиме перевозок, пунктах погрузок и разгрузок и путях следования вражеских судов, о системе обороны временно захваченного гитлеровцами Азовского побережья.
Большой удельный вес в системе противодесантной обороны побережья Азовского моря занимала дозорная служба. В течение июля - августа канонерские лодки совершили 130 выходов в дозор, сторожевые корабли и тральщики - 85 выходов, катера-тральщики - 207, сторожевые катера типа "МО" - 48.
