Вильгельм рос в семье, где царила гармония. Родители его баловали. Отец был строгим, сдержанным человеком, но своему младшенькому, который юмором и оригинальными идеями часто заставлял смеяться всех окружающих, в том числе отца, он отдавал предпочтение. «Малыш Вильгельм всегда заставлял всех смеяться», — рассказывает сестра, которая была на четыре года старше брата; она опекала и баловала его. Мать также не могла не поддаться очарованию мальчика и прилагала все силы, чтобы оставаться серьезной, когда Вильгельм в ответ на ее осуждающий взгляд замечал: «Мама, у тебя взгляд как рентгеновские лучи».
С 1893-го по 1896 годы Вильгельм посещал начальную школу при реальной гимназии Дуйсбурга, а потом на пасху 1896 года перешел в первый класс. Довольно длинный путь до школы ему не приходилось проделывать пешком. Семейный экипаж доставлял его каждое утро в школу, а в обед забирал домой. С кучером у маленького Вильгельма было полное взаимопонимание. Когда семья в хорошие дни выезжала за город, Вильгельм сидел на козлах около кучера и развлекал все общество своими бесконечными выдумками. Но он и сам себе был кучером, потому что уже в раннем возрасте получил в подарок козла, который тащил маленькую тележку и на котором он разъезжал по саду. Когда Вильгельму исполнилось 15 лет, отец подарил ему верховую лошадь; так он стал увлеченным и хорошим наездником. В течение всей жизни Канарис использовал любую возможность для верховой езды. Он любил лошадей и умел с ними обходиться. С норовистыми конями он справлялся благодаря своей интуиции и умелому управлению. Уже с ранних лет он развил в себе то, что англичане называют horse sense — чувство лошади, как в прямом, так и в переносном смысле.
Еще когда Вильгельм был маленьким, обнаружилась его необыкновенная наблюдательность и стремление всегда вникать в суть дела — таланты, благодаря которым он позже, уже служа во флоте, получил кличку «цепкий», и история предопределила его на должность начальника службы разведки и контрразведки. Ничто не ускользало от его внимания, а его наблюдения и меткие замечания по этому поводу нередко приводили взрослых в смущение.
Атмосфера родительского дома и круга, в котором вращалась его семья, естественно, сыграли большую роль в формировании характера подростка. Родители Вильгельма были религиозны, но без ярко выраженной конфессиональной установки. Семья Канарисов вначале была католической. Только дедушка Вильгельма, женившись на протестантке, перешел в ее веру. Мать Вильгельма, хотя и происходила из семьи евангелистов, больше склонялась к католицизму. И мать и отец не были регулярными посетителями церкви. Посещение церкви ограничивалось, как это было принято в годы, когда в большой моде была либеральная теология, в основном, большими церковными праздниками. Однако дети воспитывались в естественной вере в то, что более высокая власть направляет и охраняет человеческую жизнь, и на принципах христианской этики. Это воспитание осуществлялось не столько с помощью поучений, сколько благодаря живому примеру родителей. Вильгельм Канарис хотя и не имел ярко выраженной веры, но был все же глубоко религиозным человеком. Позднее, уже будучи зрелым человеком, он часто ходил вместе со своими обеими дочерьми в евангелистскую церковь в Далеме; однако он, очевидно, унаследовал от матери то, что в тяжелые последние годы своей жизни на него оказывала сильное влияние мистическая атмосфера католических соборов.
